员工自动离职，会让用人单位处于极为被动的地位，例如该员工正在从事的工作突然中断，各种物品和文件没有交接等等。同时，如未能及时采取固定证据、发出解除劳动合同通知等措施，劳动合同关系存续的情况下，用人单位仍承担着用工风险，发生员工意外死亡等意外情形，用人单位仍须承担相应的责任。更为严重的是，实践中曾有个别员工在自动离职后，提出系用人单位违法解除劳动合同，用人单位百口莫辩，支付赔偿金的案例。
《劳动法》第一百零二条及《劳动合同法》第九十条的规定，劳动者违法解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。如果员工离职，没有侵害公司利益，是可以不用提前通知的，所以员工突然离职，没有侵害利益，是不用赔偿的。
劳动法》第一百零二条及《劳动合同法》第九十条的规定，劳动者违法解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。
根据《违反〈劳动法〉有关劳动合同规定的赔偿办法》第四条的规定：劳动者违反规定或劳动合同的约定解除劳动合同，对用人单位造成损失的，劳动者应赔偿用人单位下列损失：
(一)用人单位招收录用其所支付的费用;
(二)用人单位为其支付的培训费用，双方另有约定的按约定办理;
(三)对生产、经营和工作造成的直接经济损失;
(四)劳动合同约定的其他赔偿费用。
1、如果企业与员工签订了服务期协议，或者禁业限制协议，并且劳动者有违约行为的，企业可以根据相关协议追求劳动者的违约责任。
2、如果员工自动离职确实给企业造成了损失，企业可以依据《违反〈劳动法〉有关劳动合同规定的赔偿办法》，收集相关证据，向劳动者主张赔偿。
需要说明的是，员工自动离职前，仍在正常上班期间的工资，企业不能无故扣发。因为《劳动合同法》第一百零二条只规定了经济补偿金可以在员工办理完毕交接工作后支付，但未规定工资也可以在办理完毕交接后才支付。