1、在公司债权人诉请公司的股东承担债务清偿责任时，应根据形式特征，特别是工商机关的登记来认定股权归属，但根据实质特征，公司设立存在规避法律行为的除外，如工商注册文件中载明的股东不能以自己仅是挂名股东为由主张免除其对公司债权人应承担的责任，但其承担责任后可以向实际股东追偿。如设立挂名股东的目的是为了规避有限责任公司不得为一个公司的禁止性规定的，则应认定实际股东应对公司的债务承担无限连带清偿责任。这一点在征求意见稿中得到了明确，该意见稿第二十条称“因公司股东有出资不足、抽逃出资等行为，公司债权人向名义出资人主张其承担赔偿责任的，人民法院应予支持。名义出资人向公司债权人承担责任后，可以向实际出资人追偿因此遭受的损失”，第五十条则规定“公司的实质股东仅一人，其余股东仅为名义股东或者虚拟股东的，公司的实质股东对公司债务承担无限责任，名义股东对公司债务承担赔偿责任。”
2、在公司与公司以外的股权受让人、股权质权人就股权出让人、出质人是否具有股权发生争议时，依据商法的公示主义和外观主义原则、合同法律关系的相对性原则，从保护交易安全、保护善意第三人的角度考虑，应当根据形式特征特别是工商机关的登记来认定股权的归属。这一点在征求意见稿中没有提及，似有必要予以明确。
3、在股东与公司之间就是否享有股权发生争议时，应当优先根据章程和股东名册的记载作出认定，但根据股东是否履行出资义务或者是否合法受让股权等实质特征能作出相反认定或公司及股东实际应当知情的，应依实质特征作出认定，而公司不能以未签发证明书或未记载于股东名册或未注册登记为抗辩理由，相反这些正是公司的义务。征求意见稿第十五条规定“有限责任公司出资人履行出资义务或者股权受让人受让股权之后，公司未向其签发出资证明书或者未将其记载于公司股东名册的，股东可以向人民法院提起诉讼，请求公司履行签发记载义务”，第十八条规定“有限责任公司应当根据公司登记条例将出资人或者股权受让人作为公司股东向公司登记机关申请登记或者变更登记。公司不予申请登记的，出资人或者受让人可以向人民法院提起诉讼，主张其享有公司股权并请求公司履行登记义务。股东向公司主张权利，公司仅以其未在公司登记机关办理股东登记抗辩的，人民法院对其抗辩不予支持”，第十九条规定“出资人与他人约定以该他人名义出资的，其约定不得对抗公司。但有限责任公司半数以上的其他股东明知实际出资人的出资，且公司已经认可以其以股东身份行使权利的，如无违反法律强制性规定的情节，人民法院可以认定实际出资人对公司享有股权”。应当说，这些规定都是明确且易于操作的。
4、在发起人股东(包括挂名股东、实际股东与隐名股东)之间发生争议时，应优先根据实质特征特别是签署公司章程与合同及实际享有股东权利来认定，实质特征不够明显的，可以结合形式特征来认定。一般而言，只要签署了公司章程及合同并享有一定程度上的股东权利，即使股东出资不足或出资存在瑕疵也不能否定其股权。征求意见稿虽然未就此作出明示意见，但其在“股东出资”部分(第八条、第九条、第十一条、第十二条)均只规定其他股东有权要求补足或返还出资并赔偿损失，而不否定股东的资格。
5、违反《公司法》第206条规定，虚假出资骗取公司设立登记的，则不论股权争议发生在股东之间、股东与公司之间、股东与第三人之间，均应认定公司设立行为无效，公司不具备法人资格，各出资人均不应被认定为公司股东，他们应当按照合伙关系对内对外承担责任。征求意见稿第十三条规定“公司设立行为存在公司法第二百零六条规定的情形，已实际出资的股东可以向人民法院提起诉讼，请求确认公司设立无效，并返还出资。人民法院受理公司设立无效纠纷案件后，应当责令公司停止经营，并责令有过错的股东在6个月期限内补足出资。逾期未能纠正瑕疵或者补足出资的，人民法院应当判决公司设立无效，并判令公司进行清算”，笔者认为所谓责令有过错方股东在6个月内补足出资的意见实属为“维护社会秩序稳定”的变通之策，并无法律依据，如以有过错方已弥补过错为由驳回无过错方要求返还出资的诉求，则显然对无过错方是不公平的。
公司股权分配比例按照所持股份进行分配，持股多少，比例多少，持股越多，比例越高，有限责任公司的股权比例还可以各个股东之间协商确定，公司股权分配比例按照所持股份进行分配，持股多少，比例多少，持股越多，比例越高，上市公司的股权比例还可以通过收购的方式来不断提升，甚至可以达到控股的股权比例，但是如果通过收购方式增加股权的，法律另有规定，收购达到百分之三就要公告，收购达到百分之三十，就要对其他股东的股权公告收购不按照持股份额来确定。
另外，公司股权持有人分配方面，科学的股权架构一定是由创始人、合伙人、投资人、核心员工这四类人掌握大部分股权的，无疑，这四类人，对于公司的发展方向、资金和管理、执行起到了重要作用，创始人在分配股权时，一定要照顾到这些人的利益，给予他们一定比例的股份。
1、自然人、法人或者其他组织向人民法院主张确认其享有公司股权的，须证明以下事实：
(一)以货币、实物、知识产权、非专利技术、股权、债券、土地使用权等向公司出资;继受公司股权或者以合法方式取得技术股、赠与股等。
(二)已为公司章程或者公司股东名册记载为公司股东。
2、有限责任公司出资人履行出资义务或者股权受让人受让股权之后，公司未向其签发出资证明书或者未将其记载于公司股东名册的，股东可以向人民法院提起诉讼，请求公司履行签发记载义务。
3、股份有限公司公司成立后，履行出资义务的股东，有权请求公司交付股票;公司不予交付的，股东可以向人民法院提起诉讼，请求公司履行交付义务。
通过证券交易市场购买上市股份有限公司股份而成为股东者，其股东身份可以股票交易记录予以证明，其起诉请求公司交付股票的，人民法院不予支持。
4、记载于有限责任公司股东名册的公司股东向公司主张股东权利，公司无相反证据证明其请求无理的，人民法院应予支持。
有限责任公司未置备股东名册，或者因股东名册登记管理不规范，未及时将出资人或者受让人记载于股东名册，但以其他形式认可出资人或者受让人股东身份的，出资人或者受让人可以依照前款向公司主张权利。
5、有限责任公司应当根据公司登记条例将出资人或者股权受让人作为公司股东向公司登记机关申请登记或者变更登记。公司不予申请登记的，出资人或者受让人可以向人民法院提起诉讼，主张其享有公司股权并请求公司履行登记义务。
股东向公司主张权利，公司仅以其未在公司登记机关办理股东登记抗辩的，人民法院对其抗辩不予支持。
6、有限责任公司出资人履行出资义务或者股权转让的受让人支付受让资金后，公司未向其签发出资证明书、未将其记载于公司股东名册或者未将其作为公司股东向公司登记机关申请登记的，出资人或者受让人提起诉讼，请求判令公司履行签发、记载或申请登记义务的，人民法院应予支持。
7、双方约定一方实际出资，另一方以股东名义参加公司，且约定实际出资人为股东或者承担投资风险的，如实际出资人主张名义出资人转交股份财产利益，人民法院应予支持;但违背法律强制性规定的除外。
一方实际出资，另一方以股东名义参加公司，但双方未约定实际出资人为股东或者承担投资风险，且实际出资人亦未以股东身份参与公司管理或者实际享受股东权利的，双方之间不应认定为隐名投资关系，可按债权债务关系处理。
在上述实际出资人与名义股东之间发生的纠纷中，可以列公司为第三人参加诉讼。
8、债权人向工商登记文件中的公司名义股东主张其承担出资不实的赔偿责任的，人民法院应予支持。名义股东向公司债权人承担责任后，可按照约定向实际出资人追偿因此遭受的损失。
在上诉纠纷中，公司债权人将实际出资人与名义股东列为共同被告的，人民法院可以根据案情判决双方承担连带责任。名义股东有充分证据证明自己系被他人冒名为股东的，不予承担责任。