1、本罪是结果犯，所以认定污染环境罪，重在认定“严重污染环境”。根据《两高关于办理环境污染刑事案件适用法律若干问题的解释》第一条规定，实施刑法第三百三十八条规定的行为，具有下列情形之一的，应当认定为“严重污染环境”：
(1)在饮用水水源一级保护区、自然保护区核心区排放、倾倒、处置有放射性的废物、含传染病病原体的废物、有毒物质的;
(2)非法排放、倾倒、处置危险废物三吨以上的;
(3)非法排放含重金属、持久性有机污染物等严重危害环境、损害人体健康的污染物超过国家污染物排放标准或者省、自治区、直辖市人民政府根据法律授权制定的污染物排放标准三倍以上的;
(4)设暗管或者利用渗井、渗坑、裂隙、溶洞等排放、倾倒、处置有放射性的废物、含传染病病原体的废物、有毒物质的;
(5)两年内曾因违反国家规定，排放、倾倒、处置有放射性的废物、含传染病病原体的废物、有毒物质受过两次以上行政处罚，又实施前列行为的;
(6)致使乡镇以上集中式饮用水水源取水中断十二小时以上的;
(7)致使基本农田、防护林地、特种用途林地五亩以上，其他农用地十亩以上，其他土地二十亩以上基本功能丧失或者遭受永久性破坏的;
(8)致使森林或者其他林木死亡五十立方米以上，或者幼树死亡二千五百株以上的;
(9)致使公私财产损失三十万元以上的;
(10)致使疏散、转移群众五千人以上的;
(11)致使三十人以上中毒的;
(12)致使三人以上轻伤、轻度残疾或者器官组织损伤导致一般功能障碍的;
(13)致使一人以上重伤、中度残疾或者器官组织损伤导致严重功能障碍的;
(14)其他严重污染环境的情形。
2、行为人明知他人无经营许可证或者超出经营许可范围，向其提供或者委托其收集、贮存、利用、处置危险废物，严重污染环境的，以污染环境罪的共同犯罪论处。
3、违反国家规定，排放、倾倒、处置含有毒害性、放射性、传染病病原体等物质的污染物，同时构成污染环境罪、非法处置进口的固体废物罪、投放危险物质罪等犯罪的，依照处罚较重的犯罪定罪处罚。
根据《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定(一)》第60条的规定,违反国家规定，向土地、水体、大气排放、倾倒或者处置有放射性的废物、含传染病病原体的废物、有毒物质或者其他危险废物，造成重大环境污染事故，涉嫌下列情形之一，应予立案追诉：
1、致使公私财产损失三十万元以上的;
2、致使基本农田、防护林地、特种用途林地五亩以上，其他农用地十亩以上，其它土地二十亩以上基本功能丧失或者遭受永久性破坏的;
3、致使森林或者其他林木死亡五十立方米以上，或者幼树死亡二千五百株以上的;
4、致使一人以上死亡、三人以上重伤、十人以上轻伤，或者一人以上重伤并且五人以上轻伤的;
5、致使传染病发生、流行或者人员中毒达到《国家突发公共卫生事件应急预案》中突发公共卫生事件分级Ⅲ级以上情形，严重危害人体健康的;
6、其他致使公私财产遭受重大损失或者人身伤亡的严重后果的情形。
违反国家规定，排放、倾倒或者处置有放射性的废物、含传染病病原体的废物、有毒物质或者其他有害物质，严重污染环境的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金;后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。