虽然我国法律对于非婚生子女的法律地位进行了明确的规定，非婚生子女具有和婚生子女同等的法律地位。但是在司法实践中，非婚生子女的权益保护仍然是一个突出的问题，其中的一个主要原因便是非婚生子女的亲子关系认定存在难度。
在我国，婚生子女实行推定制度，也即，在合法婚姻关系存续期间受胎或者出生的子女，推定为夫妻双方的婚生子女。婚生子女自出生之日起便享有民法典婚姻家庭编和继承编规定的权利，无须举证证明亲子关系。
但非婚生子女则不同。对于非婚生子女来说，想要主张民法典婚姻家庭编和继承编下的权利，必须先证明亲子关系。例如，非婚生子女和婚生子女依法享有平等的继承权，但是在司法实践中，非婚生子女要主张继承权，必须证明其与被继承人之间的亲子关系。如果没有进行亲子鉴定，未办理出生证明或者出生证明中未载明父亲信息，一旦生父过世，非婚生子女想要证明亲子关系的难度非常大。
在司法实践中，非婚生子女亲子关系的认定方式主要有以下两种：
(一)运用技术手段，进行亲子关系鉴定。亲子关系鉴定，是由专业的司法鉴定中心，对于两名或者多名自然人之间的亲缘关系进行鉴定，从而得出是否具有亲缘关系的结论;
(二)法律规则，进行亲子关系推定。在有些情况下，亲子鉴定无法进行，例如父亲不配合，导致主观上无法进行;或者父亲已经去世火化，不再有DNA样本，导致客观上无法进行。对此，我国法律和司法解释规定了亲子关系推定规则，在无法通过亲子鉴定进行直接认定的情况下，法院可以根据法律规则来推定亲子关系是否成立。
《人民法院关于适用<中华人民共和国民法典>婚姻家庭编的解释(一)》(法释〔2020〕22号)第三十九条 父或者母向人民法院起诉请求否认亲子关系，并已提供必要证据予以证明，另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，人民法院可以认定否认亲子关系一方的主张成立。
父或者母以及成年子女起诉请求确认亲子关系，并提供必要证据予以证明，另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，人民法院可以认定确认亲子关系一方的主张成立。
(一)出生证明可以作为必要证据。
出生证明对于证明亲子关系意义重大，如果孩子在出生时由于客观原因没有办理出生证明的，最好也要在事后进行补办，且出生证明中应当载明父亲的信息。
(二) 亲子鉴定结论优于出生证明，出生证明中的父亲信息和亲子鉴定的结果不一致的情况下，DNA亲子鉴定是判断亲子关系是否存在的重要依据。
(三)既无亲子鉴定又无出生证，可根据高度盖然性推定。
可以提供的手机短信、照片、协议、公证书等证据，通过认定男女双方之间存在亲密关系和受孕的可能性、父亲关爱孩子等各项事实，能让法院认为当事人已经尽到法定的举证责任，达到了高度盖然性的要求，从而推定亲子关系成立。