不合法，旷工一天扣三天工资侵犯了劳动者劳动报酬权。公司不得以员工旷工一天扣除三天的工资，这是违法行为。员工工作一天可获得一天的工资，缺勤一天，公司可不支付当天工资。公司规定扣3天工资，多扣的两天工资显然是其他正常工作日的工资，这就涉嫌克扣工资了。
【法律依据】
《劳动法》第50条规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”
《劳动法》第3条规定，劳动报酬权是劳动者八项基本权利之一。根据《劳动法》第46条关于“工资分配应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬”之规定，在劳动者提供劳动义务的前提下，用人单位有义务支付提供劳动义务期间的报酬，而“旷工一天扣3天工资”的规定，是变相剥夺劳动者获得劳动报酬的权利。
扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。劳动法没有旷工一天扣多少工资的规定，按现行做法，旷工当天，用人单位可以不支付工资，除了给用人单位造成了经济损失外，不得额外扣工资的。
【法律依据】
《工资支付暂行规定》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。根据《劳动合同法》第三十条，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
用人单位不得无故扣劳动者的工资，如有可以向劳动行政部门进行举报，一般会由劳动行政部门责令支付劳动者的工资。
【法律依据】
《中华人民共和国劳动法》
第九十一条用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：
(一)克扣或者无故拖欠劳动者工资的;
(二)拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的;
(三)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的;
(四)解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。
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（编辑：小陈）