检察院不起诉案件的案底不能消除。
检察院对其作出的不起诉决定，不代表其所涉犯罪事实被抹除、其所涉刑事犯罪罪名被削除、相应刑事责任被免除。案子在侦查、公诉机关是有“案底”的，所涉罪案依法结案后，案卷依法归档留存。
法律依据
《刑事诉讼法》第十六条
有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
(一)情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的;
(二)犯罪已过追诉时效期限的;
(三)经特赦令免除刑罚的;
(四)依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的;
(五)犯罪嫌疑人、被告人死亡的;
(六)其他法律规定免予追究刑事责任的。
《刑事诉讼法》第一百七十七条
犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十六条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。
对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。
人民检察院决定不起诉的案件，应当同时对侦查中查封、扣押、冻结的财物解除查封、扣押、冻结。对被不起诉人需要给予行政处罚、处分或者需要没收其违法所得的，人民检察院应当提出检察意见，移送有关主管机关处理。有关主管机关应当将处理结果及时通知人民检察院。
不起诉的情形包括：
1、犯罪嫌疑人没有犯罪事实。
2、犯罪嫌疑人实施的行为情节显著轻微，危害不大，不认为是犯罪的。
3、犯罪嫌疑人的犯罪已过追诉时效期限的。
4、犯罪嫌疑人的犯罪经特赦令免除刑罚的。
5、依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的。
6、犯罪嫌疑人、被告人死亡的。
7、其他法律规定免予刑事责任的。
以上是关于“不起诉案件案底能不能消除?”的详细内容，大律师法务已经在上文中进行了讲解，希望对你有所帮助。如果大家还有其他详细的问题或不明白的地方，欢迎咨询大律师网，这里会有各种不同类型的律师来为您提供专业的服务。