超面积收费的适用存在严格前提，并非所有超标情形都需缴费。国家对宅基地超面积确权实行分阶段、分情形处理原则，1982年《村镇建房用地管理条例》实施前形成的超面积宅基地，若范围未扩大，通常按实际面积确权且不收费。
1982年至1987年《土地管理法》实施期间的超面积部分，按当时政策处理后确权，是否收费依地方规定执行。仅1987年后未经批准擅自超占、或不符合分户条件的超标情形，地方才可能通过收费方式规范，且需以符合规划为前提。
收费标准由地方自主制定，核心考量多重因素形成梯度差异。
各地结合人均耕地面积、经济发展水平、土地区位价值等确定具体标准，通常按超占面积分级计费，超占面积越小、单价越低，超占越多则单价越高，从每平方米几元到几十元不等。部分地区还会区分宅基地用途，用于居住的超占部分收费标准低于擅自改为经营用途的情形。
收费方式多为按年度缴纳，也有地区允许一次性补缴一定年限费用，具体方式需以乡镇政府或自然资源部门发布的正式文件为准。
特殊情形可豁免或减免收费，体现政策灵活性。
因家庭人口增加、符合分户条件但未及时分户导致的超面积，在补办分户手续后，可按分户后的标准确权，无需缴纳超占费;对符合规划的超面积宅基地，若农户主动退出超标部分并交还集体，也可免缴费用。
历史遗留类超面积的处置，以尊重事实、保障权益为首要导向。
依据政策划分的关键时间节点，1982年《村镇建房用地管理条例》实施前形成的超占，只要未后续扩大范围且符合当前村庄规划，通常可按实际使用面积确权登记，无需强制缩减或缴纳费用。
1982年至1987年《土地管理法》实施期间的超占，需按当时地方政策完成合规性处理后再确权，部分地区允许保留使用，待房屋翻建、改建时同步调整至规定面积。
1987年后因继承房屋、符合分户条件但未及时办理手续导致的超占，可在确权证书附记栏标注超占面积，承认使用权的同时限制扩建，后续可通过完善分户手续或房屋更新逐步规范。
违规擅自超占的处理，更强调依法整改、严控新增。对未办理审批手续擅自扩建、占用耕地建设或不符合村庄规划的超占部分，相关部门会责令退还非法占用土地，限期拆除超建建筑并恢复土地原貌，此类情形一般无法纳入确权范围。
若超占部分符合村庄规划，且农户本身符合一户一宅基本条件，部分地区允许通过补办审批手续、按梯度缴纳超面积使用费实现合法化，缴费后可保留使用并在确权时注明超占情况，明确权利边界。