发现新房已被他人入住，可按以下步骤处理：
1. 确认房屋产权
立即核对房产证、购房合同等产权文件，确保自己是房屋的合法所有人。若产权存在争议(如一房二卖等情况)，需进一步核实购房流程和相关手续。
2. 保留证据
用手机或相机拍摄房屋内外的照片、视频，记录他人入住的痕迹(如家具摆放、生活用品等)，同时保存与房屋相关的文件、沟通记录等，这些证据可能在后续维权中起到关键作用。
3. 尝试协商解决
与入住者直接沟通，出示产权证明，明确告知其入住行为未经授权，要求其限期搬离。若对方愿意配合，可签订书面协议约定搬离时间和方式。若对方拒绝沟通或态度强硬，避免发生冲突，及时终止协商。
4. 报警处理
若协商无果，可拨打110报警，向警方说明房屋被非法侵占的情况。警方会到场调解并记录情况，形成笔录，这既有助于固定证据，也可能对入住者产生威慑作用。若入住者存在欺诈、威胁等违法行为，警方会依法处理。
5. 向相关部门投诉
可向当地住建部门、房地产管理部门或消费者协会投诉，反映房屋被侵占的问题，请求相关部门介入调查和调解。这些部门有权对开发商或相关责任方进行监管和处罚。
6. 通过法律途径维权
若协商、投诉均无法解决问题，可向法院提起民事诉讼，要求入住者停止侵权、返还房屋，并赔偿因占用造成的损失(如房屋折旧、租金损失等)。法院判决后，若对方拒不执行，可申请强制执行。
在整个过程中，保持冷静和理性，避免采取过激行为。若对法律程序不熟悉，建议咨询专业律师，以确保自身权益得到充分保护。
新房被他人入住的行为，在法律层面具有明确的违法属性，相关主体需承担相应责任。
从物权角度而言，《中华人民共和国民法典》第二百四十条规定，所有权人对自己的不动产或者动产，依法享有占有、使用、收益和处分的权利。购房者在完成房屋产权登记后，便成为房屋合法所有权人，未经其允许的入住行为，均构成对物权的侵犯。
若入住行为由开发商主导，如为促销将房屋作为样板间供人居住却未提前告知，还违反了《商品房销售管理办法》中关于房屋交付标准的规定，需承担违约责任。
对于无关第三方的擅自入住，若经催告后仍拒不退出，可能触犯《中华人民共和国治安管理处罚法》，面临罚款、拘留等处罚;情节严重时，还可能依据《中华人民共和国刑法》第二百四十五条构成非法侵入住宅罪，承担刑事责任。