公司欠款首先由公司财产来还。公司是独立的法人，有自己的财产，欠债还钱天经地义，用的是公司账户里的钱，公司名下的房产设备等资产。这是最基本的原则，谁的债谁来还。
法人也就是法定代表人，原则上不需要用个人财产替公司还债。法定代表人只是代表公司行使职权的人，不是公司债务的担保人。除非法定代表人个人给公司债务做了担保，否则债权人不能直接找法定代表人要钱。
股东同样原则上不需要替公司还债。股东的责任仅限于其认缴的出资额，也就是说最多亏掉投入公司的那笔钱，不会被追着要更多。这就是有限责任的核心含义，也是公司法最重要的制度设计。
但有两种例外情况。第一种是股东没有足额缴纳出资，公司可以要求该股东在未出资范围内承担补充赔偿责任。第二种是股东抽逃出资，公司和债权人都可以要求该股东在抽逃范围内承担责任。除此之外，股东的个人财产是安全的。
单纯账目混乱或管理不规范，通常属民事或行政范畴(如《公司法》《会计法》调整)，可能被责令整改、赔偿或行政处罚，不构成犯罪。
若账目不清系因故意隐匿、销毁会计凭证(《刑法》第162条之一)，数额或情节严重(如涉及金额50万元以上或造成税务损失等)，可处5年以下有期徒刑或拘役，并处2万–20万元罚金。
若法定代表人或高管利用职务便利，将公司资金非法占为己有(职务侵占罪，《刑法》第271条)，起刑点一般为6万元，可处3年以下;数额巨大(100万元以上)则3–10年;特别巨大(1500万元以上)可至无期。
挪用资金用于非法活动(如赌博、炒股)且超6万元，或超3个月未还且超10万元，可能构成挪用资金罪(《刑法》第272条)，起刑为3年以下。
股东需举证存在主观恶意、资金去向不明、实际损失或违法犯罪行为，法院才会考虑移送刑事侦查;仅“账目不清”而无证据指向犯罪，一般不启动刑责程序。
法人股东就是公司作为出资人持有其他公司的股份。比如一家公司投资入股了另一家公司，那这家公司就是被投资公司的法人股东。法人股东和自然人股东在法律地位上完全平等，享有同样的股东权利。
法人股东行使股东权利的方式是通过其法定代表人或者授权代表来实现。开会的时候法人股东会派人出席，在决议上加盖公章，这个签字代表的就是法人股东的意志，法律上完全认可。
法人股东的责任同样以其出资额为限。也就是说法人股东最多亏掉投入的那笔钱，不会因为被投资公司的债务而被牵连。这和自然人股东的有限责任是一样的，公司制度的核心就是有限责任。
还有一点要说清楚，法人股东和法人代表是两个概念。法人股东是指出资的公司，法人代表是指代表公司行使职权的自然人。一个公司可以是另一个公司的法人股东，同时这个公司也有自己的法人代表，两者完全不冲突。