实践中，很多拟上市的企业在申报前会对公司的员工实施股权激励，以此勉励并稳定公司员工，保持企业在市场上的实力。常见的股权激励方式是实际控制人、控股股东通过设立有限公司或有限合伙企业，通过增资或转让的方式让有限公司或有限合伙企业持有拟上市公司的股份，最后公司员工通过受让有限责任公司的大股东或有限合伙企业的普通合伙人的股权/出资份额的方式间接持有拟上市公司的股份，以此实现对公司员工的股权激励。
众所周知，有限合伙企业在企业层面无税负压力，交税义务是由合伙人来承担；而有限责任公司则在公司及个人层面均需缴纳税款，税负压力较重。故很多上市公司基于减少税负压力的考虑，会选择将有限合伙企业作为员工持股平台以实现员工的股权激励。然而，很多上市公司的实际控制人潜心经营本体公司，却对股权激励平台之有限合伙企业生产经营所得及出资份额转让可能会涉及到的税法问题一知半解，总以为税负压力在员工身上，跟公司及持股平台没有任何关系，然事实却并非如此。最终公司或实际控制人因持股平台税务问题造成损失亦或影响公司上市进度的案例也不少见，在此广东华商律师事务所风泽律师团资本市场律师就合伙企业的生产经营收益、投资收益、出资份额转让涉及的税务代扣代缴及税收标准等问题进行了梳理。
一、投资者从合伙企业取得的生产经营所得
应作为投资者个人的生产经营所得（比照个人所得税法的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%-35%的五级超额累进税率）向税务机关报税，由投资者个人缴纳，合伙企业虽无代扣代缴义务，但根据规定有代投资者申报的义务。在投资者个人拒绝申报及缴纳税款的情况下，合伙企业若未代为申报，可能会被税务机关责令限期改正，税务机关的决定文件将会作为中介机构申报上市的底稿资料提交证监会，虽然不是很大的税务风险，但税务问题在实操中非常敏感，证监会也会慎重审查，难免会造成不好的影响。合伙企业基于避免税务风险的目的，也可申请地税局代扣代缴。
相关法律依据：
1、财政部、国家税务总局关于印发《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》的通知（财税〔2000〕91号）
第三条 个人独资企业以投资者为纳税义务人，合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人（以下简称投资者）。
第四条 个人独资企业和合伙企业（以下简称企业）每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以下损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%-35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。
前款所称收入总额，是指企业从事生产经营以及与生产经营有关的活动所取得的各项收入，包括商品（产品）销售收入、营运收入、劳务服务收入、工程价款收入、财产出租或转让收入、利息收入、其他业务收入和营业外收入。
第二十条 投资者应向企业实际经营管理所在地主管税务机关申报缴纳个人所得税。投资者从合伙企业取得的生产经营所得，由合伙企业向企业实际经营管理所在地主管税务机关申报缴纳投资者应纳的个人所得税，并将个人所得税申报表抄送投资者。
第二十一条 投资者在预缴个人所得税时，应向主管税务机关报送《个人独资企业和合伙企业投资者个人所得税申报表》，并附送会计报表。
年度终了后30日内，投资者应向主管税务机关报送《个人独资企业和合伙企业投资者个人所得税申报表》，并附送年度会计决算报表和预缴个人所得税纳税凭证。
2、相关法律依据：
中华人民共和国税收征收管理法（2015修正）
第三十二条 纳税人未按照规定期限缴纳税款的，扣缴义务人未按照规定期限解缴税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。
第六十二条 纳税人未按照规定的期限办理纳税申报和报送纳税资料的，或者扣缴义务人未按照规定的期限向税务机关报送代扣代缴、代收代缴税款报告表和有关资料的，由税务机关责令限期改正，可以处二千元以下的罚款；情节严重的，可以处二千元以上一万元以下的罚款。
第六十八条 纳税人、扣缴义务人在规定期限内不缴或者少缴应纳或者应解缴的税款，经税务机关责令限期缴纳，逾期仍未缴纳的，税务机关除依照本法第四十条的规定采取强制执行措施追缴其不缴或者少缴的税款外，可以处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款。
第七十二条 从事生产、经营的纳税人、扣缴义务人有本法规定的税收违法行为，拒不接受税务机关处理的，税务机关可以收缴其发票或者停止向其发售发票。
二、关于合伙企业对外投资分回利息、股息、红利的征税问题
国家税务总局关于《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》执行口径的通知（2001年1月17日 国税函〔2001〕84号）
第二、个人独资企业和合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股利、红利所得，按“利息、股息、红利”所得，按“利息、股利、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。以合伙企业名义对外投资分回利息或者股利、红利的，应按《通知》所附规定的第五条精神确定各个投资者的利息、股利、红利所得，分别按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。
三、合伙企业份额转让的税款
《国家税务总局公告2011年第41号――关于个人终止投资经营收回款项征收个人所得税问题的公告》
一、个人因各种原因终止投资、联营、经营合作等行为，从被投资企业或合作项目、被投资企业的其他投资者以及合作项目的经营合作人取得股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金及以其他名目收回的款项等，均属于个人所得税应税收入，应按照“财产转让所得”项目适用的规定计算缴纳个人所得税。
应纳税所得额的计算公式如下：
应纳税所得额=个人取得的股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金及以其他名目收回款项合计数-原实际出资额（投入额）及相关税费