处理医疗纠纷，不存在绝对最好的单一部门，需根据争议大小和双方意愿选择。小额争议首选医院投诉管理部门协商，效率最高。分歧较大时，医疗纠纷人民调解委员会是最佳中立第三方，不收费且专业性强。涉及行政处罚或需要行政介入时，卫生健康委员会具有监管职权。矛盾激化无法调解的，人民法院通过诉讼程序作出终局裁决。