公司设立登记申请书在营业执照正式颁发前是可以申请撤回的，申请人需向原登记机关提交书面撤回申请。该申请书的原件在公司成立后，会作为核心档案由登记机关永久保存，同时企业自身也需留存。关于签署问题，由于提交申请时公司尚未成立，法定代表人并未产生，因此设立申请书通常由全体股东或发起人签署，而非法定代表人。