基金结余是指基金收支相抵后的期末余额。基本医疗保险基金结余包括基本医疗保险统筹基金结余和基本医疗保险个人账户的基金结余。
基金结余是一个分期概念，在不同的会计期间，基本收支都会出现一定的结余。当基金入不敷出时，结余就为负数，即当期赤字。基金结余按不同的会计期可分为前期结余、当期结余和期末结余。
当基金结余为正数时，基金结余除留足根据财政和劳动保障部门商定的、最高不超过国家规定预留的支付费用外全部用于购买国家发行的特种定向债券或其他种类国家债券，任何地区、部门、单位和个人不得动用结余资金进行其他任何形式的直接或间接投资。
当基金结余为负数时，应按下列顺序予以弥补：
动用历年滚存结余中的存款。
当动用历年存款不足以弥补时，可以转让或提前变现用基金购买的国家债券。
转让或兑付国家债券仍不能弥补时，建立了基金调剂金的地区，由上级经办机构调剂解决。
上级下拨的调剂金仍不足以解决时，由财政部门给予支持。
在财政给予支持的同时，经办机构应根据需要按规定的程序报批后，适当调整基金缴费比例。