一是医疗卫生资源配置宏观结构失衡和医疗服务结构不合理。医疗机构过度集中于城市，部分农村地区缺医少药的现象依然存在。城市医疗机构注重向大规模、高精尖方向发展，而能向职工提供低成本、适当医疗服务的基层医疗机构相对萎缩，缺乏健全的社区卫生服务网络和相应的全科医生队伍。
二是医疗机构内部运行效率低下。非专业技术人员过多，使医疗卫生资源不能有效利用于为病人提供医疗服务。
三是对医疗费用的支出管理缺乏制约机制。医务人员缺乏费用意识和成本意识，不合理检查和不合理用药现象严重，造成了医疗费用过快增长，浪费严重。