财政专户管理是国家对预算外资金的一种管理办法。基本医疗保险基金实行财政专户管理的具体办法是，基本医疗保险费用由社会保险经办机构征缴上来后，直接存入在国有商业银行开设的社会保障资金收入户，在规定期限内（一般不超过一周），转存入财政在国有商业银行开设的社会保障基金财政专户，当社会保险经办机构需要支出时，由同级财政按申报的收支计划，从财政专户中拨付到在国有商业银行开设的社会保障基金支出户。
基本医疗保险基金纳入财政专户管理，首先，基本医疗保险基金必须要有完善的国家财政监督和管理；其次，基本医疗保险基金纳入财政专户管理，实行"收支两条线"，有利于保证基金安全；第三，基本医疗保险基金纳入财政专户管理，与基本养老保险、失业保险等基金管理的办法一致，有利于各项社会保险基金的统一管理。