现有医疗机构性质的划分遵循如下原则：自愿选择和政府核定相结合。
1．现有政府举办的承担基本医疗任务、代表区域性或国家水平的医疗机构，经同级政府核定定为非营利性医疗机构；其余的自愿选择核定为其他非营利性医疗机构或转为营利性医疗机构。
2．社会捐资兴办的医疗机构一般定为非营利性医疗机构。
3．企事业单位设立的为本单位职工服务的医疗机构一般定为非营利性医疗机构；对社会开放的，自愿选择并经当地卫生行政等部门核定为非营利性医疗机构或转为营利性医疗机构。
4．社会团体和其他社会组织举办的医疗机构，由其自愿选择经卫生行政等部门核定为非营利性医疗机构或转为营利性医疗机构。
5．城镇个体诊所、股份制、股份合作制和中外合资合作医疗机构一般定为营利性医疗机构。
6．国有或集体与医疗机构职工集资合办的医疗机构（包括联合诊所），由其自愿选择并经卫生行政和财政部门核准可改造为股份制、股份合作制等营利性医疗机构；也可转为非营利性医疗机构。
7．政府举办的非营利医疗机构不得投资与其他组织合资合作设立非独立法人资格的营利性的\"科室\"、\"病区\"、\"项目\"。已投资与其他组织合资合作举办营利性的\"科室\"、\"病区\"、\"项目\"的，应停办或经卫生行政和财政等部门批准转为独立法人单位。
医疗机构改变其性质，须经核发其《医疗机构执业许可证》的卫生行政部门和有关部门批准并办理相关变更手续。