（１）提起的主体不同。第二审程序提起的主体是第一审程序中的当事人，而再审提起的主体是原审人民法院的院长、上级人民法院、最高人民法院和人民检察院。
（２）审理的对象不同。第二审程序的审理对象是第一审人民法院作出的尚未发生法律效力的判决、裁定；而再审程序的审理对象是人民法院已发生法律效力的判决、裁定，既可以是一审法院的判决、裁定，也可以是二审法院的判决、裁定。
（３）提起的理由不同。第二审程序的提起，只要上诉人主观上认为第一审判决、裁定有错误，就可以提起上诉；而再审的提起，是人民法院院长 、人民检察院 、上级人民法院发现已经生效的判决、裁定，违反法律的规定，确有错误，方可决定是否开始再审程序。
（４）提起的时间不同。第二审是第一审的继续，上诉期限有一定的限制。当事人对第一审不服的向上一级人民法院提起上诉的期限为15日；当事人对第一审的裁定不服的，向上一级人民法院提起上诉期限为10日。而再审程序的提起时间，行政诉讼法未作具体规定。
（５）审理的法院不同。第二审人民法院必须是第一审人民法院的上一级人民法院；再审案件，既可以由原法院审理，也可以由原审法院的上一级法院审理，还可以由更高的人民法院提审。