公诉案件撤诉程序在1996年刑事诉讼法中被取消，这是为了维护起诉的严肃性。但是由于司法实践中存在较多公诉后撤诉的现象，最高人民法院和最高人民检察院就公诉案件撤诉发布了相关司法解释，只是规定比较简单，如撤诉的时间、撤诉的情形、撤诉的条件、撤诉的法律后果等都不明确，导致司法实践中存在诉讼终结但没有结论、对被告人应否释放、何时释放没有规定、缺乏继续侦查和再行起诉的具体规定等问题。
考察英美法系和大陆法系主要的法治国家，其在刑事诉讼法中均规定了撤诉程序，只是条件有所不同。我国为了弥补法律不足，以司法解释的形式对公诉案件的撤诉作出了原则规定。笔者认为在修订刑诉法过程中，有必要对公诉案件的撤诉程序进行完善。具体而言，有以下几点：
一是明确撤回起诉的时间应限定在提起公诉后法院作出判决前。二是明确撤回起诉的事实理由为被告人不具有应当追究刑事责任的情形，包括刑事诉讼法第十五条6种情形，还包括所有不认为是犯罪的情形，如正当防卫，被告人不构成犯罪;犯罪事实非被告人所为等。三是明确公诉案件撤回起诉的法律效力。公诉案件一旦撤回，刑事诉讼程序即告终结。法院准予撤诉的裁定作出后，被告人在押的，应当立即释放;对被告人采取强制措施的应当立即解除;对扣押、冻结的被告人的财物应当解除扣押、冻结等。