二者在客观上都可能造成就诊人死亡或严重损害就诊人身体健康的后果，它们的区别主要在于：
(1)主体不同。非法行医罪的主体是不具有医师执业资格的人，而后罪的主体是医务人员。
(2)主观方面不同。非法行医罪行为人对造成就诊人死亡或严重损害就诊人身体健康后果所持的心理态度，既可以是过失，也可以是间接故意，而前罪对造成严重不良后果所持心理态度只能是过失。
(3)客观方面不同。非法行医罪造成就诊人死亡或身体健康严重后果的原因既可以表现为责任过失，也可以是技术过失，而后罪则仅限于责任过失，技术过失不构成犯罪。