巨额财产来源不明犯罪是实践中一种常见的职务犯罪，虽然法律从反腐败的实际需要出发，一定程度上降低了侦查和公诉部门的举证责任，但是实践中在认定该罪时仍有一些问题值得研究：何为 “本人不能说明其合法来源”，该罪的犯罪数额如何认定，该罪是否存在“自首”等等，搞清这些问题对于我们正确运用法律武器惩处腐败，意义十分重大。
随着我国市场经济建设的不断深入，反腐败工作出现许多新特点，特别是巨额财产来源不明犯罪有增长趋势。如何根据我国刑法规定，结合当前反腐败工作中发现的一些新情况、新问题，寻找当前认定巨额财产来源不明罪的刑法对策，是摆在每一位检察干警和刑法研究人员面前的首要问题。
根据刑法第三百九十五条的规定，巨额财产来源不明罪，是指国家工作人员的财产或者支出明显超过合法收入，数额巨大，本人不能说明其合法来源的犯罪。当前司法实践中认定巨额财产来源不明罪主要有三个问题值得研究。
一、何为 “本人不能说明其合法来源”
构成巨额财产来源不明罪的关键要件是“本人不能说明其合法来源”，有人认为，只要行为人说明了其财产是某人送的，即使查不清楚（如送钱人在逃），也是司法机关的责任，不能定行为人有罪。还有人认为，只要行为人不能说明其财产来源是“合法的”，包括说明是违法或者违纪得来的财产，都应当以巨额财产来源不明罪认定。
笔者认为，上述观点都有失偏颇。行为人“不能说明”，主要包括以下两种情况：第一，有条件说明财产来源而拒不说明；第二，确实分辨不出财产的具体来源而无法说明或者虽然交代了财产的来源，但因线索不具体或者行贿人在逃等原因，司法机关无法查实，又无法找到其他相关证据证明构成其他犯罪，就可以认定为巨额财产来源不明罪。如果能够证明确实属于违纪所得，如过年期间收受下属的巨额礼金，但无“为送礼人谋利益的”证据，也无索贿证据，就只能以非法所得认定，而不能认定为“巨额财产来源不明罪”。
二、巨额财产来源不明罪犯罪数额的认定
实践中，计算巨额财产来源不明罪的犯罪数额，可按照以下公式进行：X=K＋Z－F－H－W.其中，“X”表示巨额财产来源不明罪的犯罪金额：“K”表示扣押财产：“Z”表示行为人以往的所有支出：“F”表示巨额财产来源不明罪以外的犯罪金额：“H”表示行为人合法收入； “W”表示行为人违纪等非法所得金额。
在具体计算方法上，应注意以下问题：
1.应把国家工作人员个人财产和与其共同生活的家庭其他成员的财产、支出等一并计算，一并减去他们所有的合法收入。
2.行为人现有财产包括房产、家具、生活用品、学习用品及股票、债券、存款等动产和不动产；行为人的支出包括合法支出和不合法的支出，包括日常生活、工作、学习的消耗费用、罚款及向他人行贿的财物等；行为人的合法收入包括工资、奖金、稿酬、合法继承等法律和政策允许的各种收入。
3.如果遇到难以计算的情况，计算行为人合法收入时要采取就高不就低的原则，计算支出时要采取就低不就高原则，即采取有利于犯罪嫌疑人的原则。
4.为了便于计算犯罪数额，对于行为人的财产和合法收入，一般可以从行为人有比较确定的收入和财产时开始计算。
三、本罪是否存在“自首”及如何认定
笔者认为，巨额财产来源不明罪存在自首，因为刑法第一百零一条规定：“本法总则适用于其他有刑罚规定的法律，但是，其他法律有特殊规定的除外。”巨额财产来源不明罪规定在刑法分则第三百九十五条，且该条并无特别规定，所以，巨额财产来源不明罪应该存在自首。