(1)包庇罪与包庇毒品犯罪分子罪的界限。
根据刑法第349条第1款的规定，包庇毒品犯罪分子罪是指，明知是走私、贩卖、运输、制造毒品的犯罪分子，而予以包庇的行为。包庇罪与包庇毒品犯罪分子罪在主观方面都是直接故意，目的都是使他人逃避法律制裁;客观上都有包庇犯罪分子的行为;主体都是一般主体。司法实践中，二者的区别是：第一，包庇的对象不同。包庇罪的对象是犯罪的人，至于他人所犯何罪，在所不问，而且在特定情况下还包括从事卖淫、嫖娼活动的违法人员;包庇毒品犯罪分子罪的对象是特定的即只能是“走私、贩卖、运输、制造毒品的犯罪分子”。第二，犯罪客体不同。包庇罪侵犯的客体是司法机关正常的刑事追诉和刑罚执行活动;包庇毒品犯罪分子罪侵犯的客体是司法机关惩治走私、贩卖、运输、制造毒品的犯罪分子的活动。第三，明知的具体内容不同。构成包庇罪，只知道他人是“犯罪的人”的即可; 构成包庇毒品犯罪分子罪，要求行为人明知对方是“走私、贩卖、运输、制造毒品的犯罪分子”。在司法实践中，当行为人并不明知或者没有足够证据证明他所包庇的具体对象是“走私、贩卖、运输、制造毒品的犯罪分子”，而只知道是“犯罪的人”的，就只能以包庇罪论处。
规定包庇罪与包庇毒品犯罪分子罪的法条之间存在着包容与被包容的关系，因此，二者之间是一种包容竞合的法条竞合关系，规定包庇罪的是普通法，规定包庇毒品犯罪分子罪的法条是特别法，根据特别法优于普通法的原则，在行为人包庇走私、贩卖、运输、制造毒品的犯罪分子时，应以包庇毒品犯罪分子罪论处，行为人所触犯的包庇罪的法条就不再适用。
(2)包庇罪与包庇、纵容黑社会性质组织罪的界限。
根据刑法第294条第4款的规定，包庇、纵容黑社会性质组织罪是指，国家机关工作人员包庇黑社会性质的组织，或者纵容黑社会性质的组织进行违法犯罪活动的行为。二者的区别有：第一，犯罪对象不同。包庇罪的对象是犯罪的人，至于他人所犯何罪，在所不问，而且在特定情况下还包括从事卖淫、嫖娼活动的违法人员;包庇、纵容黑社会性质组织罪的对象是黑社会性质组织。第二，犯罪主体不同。包庇罪的主体是一般主体;包庇、纵容黑社会性质组织罪的主体是特殊主体，即国家机关工作人员。第三，主观上明知的具体内容不同。包庇罪明知自己所包庇的对象是犯罪的人即可;包庇、纵容黑社会性质组织罪行为人明知自己所包庇的对象必须是 “黑社会性质的组织”。
(3)包庇罪与伪证罪的界限。
根据刑法第305条的规定，伪证罪是指，在刑事诉讼中，证人、鉴定人、记录人、翻译人对与案件有重要关系的情节，故意作虚假证明、鉴定、记录、翻译，意图陷害他人或者隐匿罪证的行为。它们的区别有：第一，犯罪主体不同。包庇罪的主体是一般主体;伪证罪的主体是特殊主体，只能是刑事诉讼中的证人、鉴定人、记录人、翻译人。第二，发生的时空不同。包庇罪可以发生在尚未立案前、侦查、起诉、审判中和判决后服刑中;伪证罪只能发生在“刑事诉讼中”即侦查、起诉、审判的过程中。第三，犯罪对象不同。包庇罪的对象是犯罪的人，包括未经采取刑事强制措施的犯罪人以及从刑事监管场所脱逃的未决犯和已决犯，在特定情况下还包括从事卖淫、嫖娼活动的违法人员;伪证罪的对象只能是刑事诉讼中的未决犯。第四，客观方面行为方式不同。包庇罪在客观方面表现为，作假证明包庇犯罪的人的行为;伪证罪则表现为是行为人利用在刑事诉讼中提供证言、进行鉴定、记录、翻译的方便对与案件有重要关系的情节，故意作虚假证明、鉴定、记录、翻译。第五，犯罪目的不同。包庇罪的目的是使他人逃避法律制裁;伪证罪的目的包括陷害他人与包庇罪犯。
司法实践中，在具体区分包庇罪与伪证罪时，较难区分的是包庇罪中的作虚假证明与证人作虚伪陈述之间的界限。关键要把握以下两点：一是看作假证明与虚伪陈述的主体是否确实具有证人的身份;二是看作假证明及虚伪陈述的内容是否针对与案件有重要关系的情节。必须把证明主体与证明内容紧密地结合起来，综合分析、认定。实践中，具备“证人”身份者在刑事诉讼中为包庇他人而对与案件有重要关系的情节作虚假证明的，以伪证罪论处;否则，只能以包庇罪定罪处罚。问题是，在刑事诉讼中，证人意图包庇他人，而对与案件有重要关系的情节作虚假陈述的，如何处理此时，行为人实施的一行为，同时触犯了包庇罪与伪证罪，但由于规定包庇罪与伪证罪的法条在关于作假证明包庇犯罪人这一点上存在在交叉竞合的关系，因此，应从一重处断。由于包庇罪的法定刑高于伪证罪的法定刑，因此，应以包庇罪定罪量刑，行为人所触犯的伪证罪的法条就不再予以适用。
(4)窝藏、包庇罪与事前通谋的共同犯罪的界限
根据刑法第310条第2款的规定，犯窝藏、包庇罪，事前通谋的，以共同犯罪论处。所谓事前通谋是指，窝藏、包庇犯与被窝藏包庇的犯罪分子，在犯罪活动之前，就谋划或者合谋，答应在犯罪分子实施犯罪后，对其予以窝藏、包庇。此种情形下，行为人在犯罪活动之前，就谋划或者合谋，答应在他人实施犯罪后，对其予以窝藏、包庇，就使犯罪人获得了精神上的动力与支援，性质上是一种帮助行为，应视为有共同的犯罪行为与共同的犯罪故意，符合共同犯罪的构成与原理，应当作为共同犯罪来处理。但是，如果行为人只是知道他人要去实施犯罪，事后予以窝藏、包庇，或者事先知道他人要去实施犯罪，未去报案，犯罪发生后又窝藏包庇犯罪分子的，不能以共同犯罪论处。
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