l、主体要件不同。妨害公务罪的主体要件是一般主体，凡达到刑事责任年龄且具有刑事责任能力的自然人都可以构成;抗税罪的主体要件是特殊主体、只有负有纳税义务或者代扣代缴、代收代缴税款义务的个人或单位的直接责任人员才可以构成。
2、主观目的不同。妨害公务罪目的在于使国家工作人员不能依法执行职务，抗税罪目的在于逃避缴纳税款而非法获利。
3、犯罪对象的范围不同。抗税罪侵害的对象是执行税收征管任务的税务人员;而妨害公务罪侵害的对象则是执行职务的国家工作人员，后者范围较广，前者属于后者的一种。
4、侵犯的客体不同。妨害公务罪侵犯的是国家机关的公务活动;抗税罪侵犯的是国家的税收管理制度。在实践中，纳税人以暴力、威胁方法阻碍税务人员依法征税的，都应以抗税罪论处。只有不负有纳税义务的个人以暴力、威胁方法阻碍税务人员征税，且事先与纳税人无通谋的，才构成妨害公务罪。