按照有限责任公司股东会召开、表决的程序，股东会制度中主要有下列法律风险：
股东会召集、表决程序瑕疵的法律风险
当出现股东不出席股东会、出席不表决或中途退席等，致使无法做出表决结果，而在章程中又没有相应规定，则存在风险。如果股东会召集人不是法定人员，则召集程序可能被认为是违反法律或公司章程的，股东可以请求法院予以撤销。
股东会记录瑕疵的风险
《公司法》规定股东会应当对所议事项的决定做成会议记录，出席会议的股东应当在会议记录上签名。因此股东会召开后，不做记录或者记录虚假，以及记录有瑕疵，都将产生法律风险。
股东会决议违反法律和章程规定的风险
股东如果发现股东会决议违反了章程规定，可以请求法院予以撤销，而股东会的决议内容违反法律、行政法规的强制性规定，则会导致无效。
股东会僵局的法律风险
有限公司是兼具资合性和人合性的公司，由于股东间的利益冲突和观念矛盾，经常会在有些问题上达不成一致。当股东之间出现严重的情绪化抵触时，阻碍公司运行的情况不可避免发生，导致公司无法形成决议，公司运行陷入僵局，致公司身陷泥潭，前进不能，后退不得。