所谓抵押权登记是指依据财产权利人的申请，登记机关将于在该财产上设立抵押权相关的事项记载与登记簿上的事实。我国《担保法》第三章第二节及《担保法解释》对抵押登记作了有关的规定。以下是作者发现的登记制度的一些问题。
(一) 多重抵押登记机关。《担保法》及其他法律法规依据抵押物的不同规定了不同的抵押权登记机关，造成我国抵押权等级制度形成了“多头执政”局面。因此产生了一些不利的后果。
首先，抵押人如果多项财产为同一债权人的债权提供担保，就意味着要依据这些财产不同的主管部门到不同的机关进行登记，不仅要耗费大量的时间，而且要多次支付登记费用，难以保障交易快捷与效率。
其次，在我国，不同的抵押权登记机关隶属于不同的行政单位系统，而他们办理抵押权登记所遵循的程序与规则又是于不同的最高行政主管部门所制定的规章，因此出现了办理不同的抵押物的登记必须依照不同的程序，提交不同的资料，缴纳不同的费用。
另外,由于没有在各抵押登记部门之间建立起必要的沟通制度,导致了债务人重复抵押登记,骗取债权人资金,损害债权人利益现象的发生,带来了一些不必要的混乱和纠纷。
这些问题典型就体现在房地产抵押上，房管部门和土地管理部门关于登记效力的冲突。土地及其地上附着物在物理属性上的不可分性，决定了不动产抵押登记机关应当具备统一性。在实行“房随地走，地随房走”的房地产管理原则下，土地和房屋必须一起抵押。在此原则下，无论是在房管部门还是在土地管理部门办理了房屋所有权登记还是办理了土地使用权抵押登记，其结果都意味着在房屋及其占有的土地使用权设立了抵押权。我国《城市房地产管理法》第六十一条第一款做了很含糊的规定：“房地产抵押时，应当向县级以上地方人民政府规定的部门办理抵押登记”。但登记部门究竟是哪个部门，没有法律规定。发生纠纷时，如何确定抵押登记的效力，法院裁判无法可依。对此，国家土地管理部门在1995年率先在一个批复中指出房地产抵押应当由土地管理部门来办理。建设部则随后做了反映，指出房地产抵押必须由房地产行政主管部门办理。各部门的相互矛盾的做法，时的法院在处理类事的问题时也没有统一的标准，故最高院只能通过《担保法司法解释》规定：“以担保法第四十二条第二项规定的不动产抵押的，县级以上地方人民政府对登记部门未作规定的，但是人在土地管理部门或者房产管理部门办理了抵押物登记手续，人民法院可以确认其登记效力”。这样做似可以缓解行政部门权力冲突的现象，但却无法从根本上解决登记效力冲突的问题。如某债务人以无地上定着物的土地使用权向贷款人甲银行作抵押,并在土地管理部门办理登记;此后此债务人在同一片土地上建筑房产,待办理合法的产权证后,又用房产向贷款人乙银行作抵押,在房产部门办理抵押登记,这就发生了债务人重复抵押,债权人权利发生冲突的问题。这便是由于登记机关分属不同的行政机关,缺乏相互间联系而造成的不应有的结果。
(二) 抵押权登记与他向权力证书之间的矛盾 。我国实行的是不动产权利强制性登记制度，与其他实行权利登记制度国家不同的是 ，我国除进行不动产登记之外还颁发权属财产证书，即采取所谓的“登记发证制度”。在不动产上设定抵押权的当事人处进行抵押权登记之外，还需要登记机关颁发统一制作的他项权力证书。例如，《城市房屋产权产籍管理办法》第十条第1款规定，“城市房屋产权的取得、转移、变更、和他项权力的设定，均应当依照《城市房屋产权产籍管理办法》的规定，向房屋所在地的市、县人民政府房地产行政主管部门申请登记，经审查确认产权后，发给房屋产权证书”。再如，《土地登记规则》第二十九条规定：“依法抵押土地使用权的,当事人应当再抵押合同签订后十日内，持抵押合同以及有关的文件申请土地使用权抵押登记。土地管理部门应当在被抵押土地的土地登记卡上登记，并向抵押权人颁发土地他项权利证明书。”在登记机关的登记卡上进行的抵押权等给予办法他项权利证书的过程通常是在统一登记程序完成的。这样就产生了问题，抵押权人去的抵押权究竟是应当建立在登记机关的登记卡上，还是建立在不动产权属证书上对于这个问题各部委有不同规定。就土地登记卡而言，《土地登记规则》第六十五条规定：“土地登记卡是土地登记的主件，也是土地使用权、所有权和他项权利的法律依据;土地证书是土地登记卡部分内容的副本，使土地使用者、所有者和他项权利持有者的法律凭证”。但是在房屋权属登记中，《城市房屋权属登记管理办法》第五条规定：“房屋权属证书时权力日发拥有房屋所有权并对房屋形式占有、使用、收益和处分权利的唯一合法凭证。依法登记的房屋权利受国家法律保护”。这就给人们在实践中带来了判断的困难，究竟是权属证书具有法律效力，还是在登记卡上的记载更有法律效力实际中，由于叉与行政机关的登记记录有诸多的困难，使得人们更加相信权属证书的可靠性。然而，发生纠纷后法院有一局登记机关的记录来确定不动产的真正的权属。美国学者Joyce Palomar教授在评论中国的土地市场时指出，由于前往登记机关的不便，或者查阅登记记录的困难，许多交易中的受让人仅仅检查出让人的土地证书，而不是在登记机关查阅土地登记卡，这就冒了很大的风险。 登记卡与他项权利证书并处的局面非常不利于交易的安全，容易造成更多的纠纷。给银行和带来了更大的风险。
(三) 抵押登记公示与登记查询困难
登记目的之一在于表彰权利存在，以保护第三人，这就是所谓的物权公示。既然是公示，就应当将权利记载的情况公诸于众。从实践来看，登记机关虽无需主动通知，但应允许并协助第三人查询。为保证公示的正确性，登记簿上的记录文件不仅应当完备、准确，而且必须使人们方便、快捷的查询。但目前我国登记机关的许多做法是登记公示的性能无法充分发挥。
首先，除少数大城市外，全国许多地方的登记机关办公设备欠缺，登记不负责任，导致抵押权登记簿的记载即不规范也不完整，大大增强了查询人的困难和风险。在动产抵押领域，尽管《公证机构办理抵押登记办法》要求登记机关应当配备计算机、录入抵押登记信息，并设立书面登记簿，各地的登记机关应当进行抵押登记信息交换。然而，目前还没有任何一项抵押登记记录建立起全国性的数据信息交换查询系统。
其次，登记机关队伍权登记的性质和目的认识不清，对登记查询设置重重障碍。一些登记机关对人们查询登记记录作了限制性规定，例如，有的登记机关要求查询人必须是律师，其他人不能查询，还有规定必须是司法机关的工作人员凭单位介绍信才能查询。有些部门规章甚至公开的限制人们查询抵押权登记记录，例如国家土地管理局颁布《土地登记规则》就明确规定，土地登记文件资料的查询，按照土地管理部门规定办理。未经允许不得向第三者提供或者公布。如此一来，查询人必须事先获取某种批准或者资格方能查询登记簿。这是完全违背物权公示原则的。
再次，抵押登记记录查询中存在不合理收费。抵押权登记目的即为表彰权利存在，应为公众所知晓，查询登记就是实现这一目的的途径，查询登记乃是物权公示的必然结果 ，因此，对查询收取费用本身就不尽合理。而在我国，依据各个部委规章的规定，所有的抵押登记机关对于登记查询都要求交纳一定不低的费用，这显然就更不合理了。
(四) 有些抵押物办理抵押登记难度较大。主要表现在:一是有些企业资产由于历史上的种种原因,没有办理产权登记手续,无产权证书,无法办理登记;二是有的抵押物估价难度较大,若找专门评估机构,费用较高,抵押人负担过重,登记积极性不高。
在我国，办理抵押登记的一系列过程中当事人必须支付抵押物登记收费、抵押物资产评估收费、权属证书收费、抵押权变更登记与注销登记收费等几类费用。在这其中抵押物资产评估最为繁琐。根据《城市房地产抵押管理办法》，房地产抵押必须进行资产评估;《农村集体土地使用权抵押登记的若干规定》规定，以农村集体土地使用权进行抵押的必须在对抵押的土地使用权进行地价评估且确认土地估价结果后，抵押双方才能签订抵押合同并办理抵押权登记。依据《国有资产评估管理办法》第四条规定，以国有资产抵押的，必须经过相应的资产评估。国有资产评估要经过申请立项、资产清查、评定估算、验证确认等重重手续。而且假如一栋房产抵押，就要经过两道评估程序，缴纳两笔评估费用。各登记机关通常认为他们的收费是合理合法的收费，而且这还不包括一些机关巧立名目，私增收费。收费之高，登记程序之缓慢复杂，大大加重了银行等当事人的登记成本。
(五) 某些财产抵押无从登记。 例如，《机动车登记办法》只规定办理已注册的机动车的抵押权登记，目前在汽车抵押贷款登记中。银行的汽车借款抵押登记却无法落实具体的部门，导致银行在实践中承担了很大的风险。法定登记部门对有些贷款抵押物未开办登记业务《担保法》规定,以林木抵押的,登记部门为县级以上林业主管部门;以航空器、船舶、车辆抵押的,为运输工具的管理部门登记。在实际工作中与林业局、车辆管理机关等进行联系,但有些部门一直不同意开展该项登记业务,使得抵押物无法登记。