合理确定用人单位缴费率，是贯彻"基本保障、广泛覆盖"原则的关键。缴费率确定合理与否有两条具体的标准： 一是确定了这个缴费率后，绝大多数用人单位都缴得起，这是实现广覆盖的基本条件；二是确定的缴费率是否控制在6%左右，以保持全国基本医疗保险筹资水平的大致相当。
具体测算的依据，是统筹地区上一年或前三年用人单位实际负担的医疗费支出占职工工资总额的比例，但在实际医疗费用支出中要扣除离休人员、老红军、二等乙级以上革命伤残军人、普通高等院校在校学生、企业职工供养直系亲属等人员医疗费用和企业工伤、生育医疗费用以及医疗保险经办机构经费等。在扣除上述医疗费用后的实际支出占工资总额的比例，才能反映出财政和企业实际负担医疗费用的能力。