债权债务确认书不可以通过双方约定实现永久司法保护效力，相关期限约定需要严格遵循法定时效规则，当事人的意思自治不能突破法律强制性规定。
《中华人民共和国民法典》第一百八十八条规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年，法律另有规定的依照其规定，诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算，自权利受到损害之日起超过二十年的人民法院不予保护，有特殊情况的人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
当事人在债权债务确认书中约定永久有效，仅能代表双方认可债权债务关系持续存续，无法排除法定诉讼时效的适用，该期限约定中突破法律强制性规定的部分不具备法律效力。
民事法律行为的有效要件有着明确法定标准，《中华人民共和国民法典》第一百四十三条规定，具备下列条件的民事法律行为有效，行为人具有相应的民事行为能力，意思表示真实，不违反法律行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
时效制度属于法律强制性规范，目的是稳定民事交易秩序，督促权利人及时行使权利，双方私下作出的永久有效约定，因违背强制性法律规定无法产生对抗司法时效的效果。如果权利人长期怠于行使权利，超过法定最长保护期限，即便确认书标注永久有效，相关权利也无法获得人民法院的司法保护，仅能依靠对方自愿履行债务。
债权债务确认书是民事交易中固定债权债务关系的核心凭证，具备独立的法律效力，能够有效厘清双方权利义务，化解交易过程中的账务争议，是处理债权纠纷的重要书面依据。
《中华人民共和国民法典》第五百零二条规定，依法成立的合同自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外，债权债务确认书属于双方合意订立的有效民事协议，一经签署即对双方产生法律约束力。
该文书最核心的作用是固化真实的债权债务事实，能够精准明确剩余债务金额履行方式以及履约时间等关键内容，消除过往账务模糊不清的问题，杜绝后续一方随意否认债务的情况。同时这份文书可以产生诉讼时效中断的法律效果，权利人签署确认书后，诉讼时效会重新开始计算，能够有效延长权利的司法保护周期，避免债权因时效届满而丧失胜诉权。
在后续产生民事纠纷提起诉讼时，债权债务确认书属于直接书面证据，具备较高的证明效力，能够简化举证流程，降低权利人的举证难度，帮助司法机关快速查明案件事实。
除此之外，该文书可以作为债务履行、债务转让以及债务抵销等后续民事行为的基础依据，保障各类债权处置行为的合法性与规范性，维护交易双方的合法民事权益。
总体而言，债权债务确认书无法约定永久司法效力，时效规则必须依法适用。该文书是固定债权、中断时效、规避债务争议的关键凭证，民事主体签署时需遵守法律规定，规范约定条款，充分发挥其法律作用保障自身权益。