军人婚内出轨但不同意离婚可以选择起诉离婚。现役军人的配偶要求离婚，须得军人同意，但军人一方有重大过错的除外。
《中华人民共和国婚姻法》第三十三条【军人配偶要求离婚】现役军人的配偶要求离婚，须得军人同意，但军人一方有重大过错的除外。
第三十二条【离婚诉讼】男女一方要求离婚的，可由有关部门进行调解或直接向人民法院提出离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解;如感情确已破裂，调解无效，应准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应准予离婚：
(一)重婚或有配偶者与他人同居的;
(二)实施家庭暴力或虐待、遗弃家庭成员的;
(三)有赌博、吸毒等恶习屡教不改的;
(四)因感情不和分居满二年的;
(五)其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提出离婚诉讼的，应准予离婚

法律依据
《中华人民共和国婚姻法》第三十三条、第三十二条