违法发放贷款的贷款已经被追回的，会不会对犯罪嫌疑人提起刑事诉讼，由检察机关依据实际情况决定。

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》规定，有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：

(一)情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的;

(二)犯罪已过追诉时效期限的;

(三)经特赦令免除刑罚的;

(四)依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的;

(五)犯罪嫌疑人、被告人死亡的;

(六)其他法律规定免予追究刑事责任的。

法律依据
《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条规定

违法发放贷款罪主观上是故意，所以属于故意犯罪。
根据《中华人民共和国刑法》第十四条 【故意犯罪】明知自己的行为会发生危害社会的结果，并且希望或者放任这种结果发生，因而构成犯罪的，是故意犯罪。故意犯罪，应当负刑事责任。
第一百八十六条银行或者其他金融机构的工作人员违反国家规定发放贷款，数额巨大或者造成重大损失的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处一万元以上十万元以下罚金;数额特别巨大或者造成特别重大损失的，处五年以上有期徒刑，并处二万元以上二十万元以下罚金。
银行或者其他金融机构的工作人员违反国家规定，向关系人发放贷款的，依照前款的规定从重处罚。
单位犯前两款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前两款的规定处罚。
关系人的范围，依照《中华人民共和国商业银行法》和有关金融法规确定。

法律依据
《中华人民共和国刑法》第十四条 、第一百八十六条