1、性质不同。前者含有人民法院行使审判权的性质，后者则是当事人在诉讼中对自己诉讼权利和实体权利的处分。
2、参加的主体不同。前者有人民法院和双方当事人共同参加，后者只有双方当事人自己参加。
3、效力不同。根据法院调解达成协议制作的调解书生效后，诉讼归于终结，有给付内容的调解书具有执行力;当事人在诉讼中和解的，则应由原告申请撤诉，经法院裁定准许后结束诉讼，和解协议不具有执行力。