依照本条的规定，平时犯擅离、玩忽军事职守罪的，处三年以下有期徒刑或者拘役；造成特别严重后果的，处三年以上七年以下有期徒刑；战时犯本罪的，处五年以上有期徒刑。
所谓造成特别严重后果，司法实践中，主要是指贻误重要战机，严重影响部队完成重要任务，造成部队人员重大伤亡，武器装备、军事设施、军用物资或者其他财产严重毁损，发生其他重要损害。