股权代持会影响新三板挂牌。公司新三板挂牌重要的一个条件是：拟挂牌企业需要股权明晰，股票发行和转让行为合法合规。而股权代持在日后极易发生利益纠纷和股权纠纷，因此，目前上市规则以及新三板挂牌规则中明确要求清理股权代持。