任何公民个人、法人或其他组织都不得对抗法律规定，这是最基本的一项常识，所谓股东协议冲突的对象，最多就是与符合公司法规定的公司章程发生冲突，那么，股东协议与公司章程哪个效力更大。
股东协议是公司成立的基本前提，它明确了股东各方的权利义务，是合作各方合意的原始依据。没有合作协议，公司就成了无源之水、无本之木，就如同没有地基的楼房，随时都有可能因合作各方责任不清及利益分配上的问题而坍塌。因此，协商确定完备合理的合作协议是设立公司过程中的关键。这关键的一步走好了，可以避免以后种种不必要的纠纷。
毕竟现实情况是复杂多变无法预计的。特别是在公司章程制定改变了股东协议的内容，在以后引起纠纷中，就会各持一词。
公司章程是公司自治性质的根本规则，可以说是公司法人的“根本大法”，规定了公司一切重大问题的处理原则和解决方式。但合作协议亦是对各方均有约束力的重要规范，且是设立公司的前提。在协议与章程冲突的情况下，究竟应优先适用谁呢?
自然是章程优先。从合同的相对性来看，合作协议调整的范围相对较小，只在合作各方之间发生效力，它无法对抗第三人。而公司章程则是调整内外部所有关系的准则。是公示于社会公众的，从诚实信用的原则和信赖利益的原则考虑，也应当优先适用公司章程解决股东之间的纠纷。 而且，公司也可以看作是股东之间的另一个协议。根据后合同优于先合同的原则，也应当优先适用公司章程。
从另一个角度说，股东协议可以事先约定公司章程中的某些重大问题的安排，避免和公司章程发生矛盾，以达到控制公司章程中重要事项的目的。如公司董事的提名和更换。
有人认为，对于协议与章程发生矛盾时优先适用谁不能一概而论。在不牵涉到外部关系的情况下，仅是调整合作者之间的利益关系时，仍应优先适用合作协议的规定。这种观点有误。公司章程也是解决和安排股东之间利益的协议。否则股东们就不会在在公司章程的履行上产生纠纷了。为了避免公司章程和股东协议之间的冲突和纠纷。应当在股东协议或公司章程中约定，一旦股东协议和公司章程发生矛盾的，以公司章程的内容和条款为准的排除性约定，以排除“在不牵涉到外部关系的情况下，仅是调整合作者之间的利益关系时，仍应优先适用合作协议的规定”的观点引起的麻烦和歧义。
综上所述，关于股东协议与公司法冲突如何处理的问题，实际上应为股东协议与符合公司法规定的公司章程的冲突问题，公司章程是协调公司内外部各种事务的基本准则，是在工商部门进行了登记备案，公诸于众的法律性文件，而股东协议则是约束股东之间权利义务的内部文件，因此，应以公司章程效力为先。
签订股东出资协议有哪些注意事项?一、首先要审查股东资格
由于全体股东要对发起设立公司的行为承担连带责任，所以一定要审查好股东的资格，包括股东的人品、能力、家庭情况、资产情况、有无对外大额债务等。并且对股东的身份证明最好进行备份。
二、要明确出资额及出资方式
根据《公司法》的相关规定，股东可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资;但是，法律、行政法规规定不得作为出资的财产除外。而且，全部股东的货币出资金额不得低于有限责任公司注册资本的百分之三十。所以，一定要明确股东的出资方式和金额。
如涉及以土地使用权及房产作为出资方式，出让方应当保证所拥有的土地使用权及房屋所有权均系经合法方式取得，并合法拥有，可以被依法自由转让。
三、要明确约定出资的时间及财产权的转移手续等问题
由于现在时常会出现股东出资不实或拖延出资的情况，所以，在签订出资协议时，要明确约定出资的时间，因为股东应当按期足额缴纳公司章程中规定的各自所认缴的出资额。以及要明确约定货币出资、非货币财产出资的财产权的转移问题，如股东以货币出资的，应将货币出资足额存入公司在银行开设的账户;若以非货币财产出资的，则应当依法办理其财产权的转移手续。需要办理所有权或使用权转让登记手续的依法办理登记手续。并且股东缴纳出资后，必须经依法设立的验资机构验资并出具证明。
四、明确股东的出资责任
股东的出资责任包括出资违约责任和资本充实责任。
1、股东出资违约责任，是指股东未按照协议出资时，应承担缴纳出资和应向足额出资的股东进行违约赔偿的责任。
2、股东出资的资本充实责任，是指未按照协议约定出资的股东对出资差额的填补责任，以及其他已出资的股东对该股东填补责任的连带责任。资本充实责任是只适用于公司股东的特殊出资责任，这种责任是连带责任，股东中的任一人对全部公司的资产不足均负有充实责任，先行承担资本充实责任的股东，可以向违约出资义务的股东求偿，也可以要求其他股东分担。这种责任是法律强制责任，不能通过股东之间的约定、公司章程或股东大会决议来免除。
五、公司未能设立的责任的约定
1、对外责任。原则上，公司设立不能，股东应对外承担连带责任;
2、内部责任。对设立行为所产生的债务和费用如何分担的问题;
3、对由于股东个人的过失原因造成公司不能设立致使其他股东利益受到损害的责任。