虽然农村房屋可以买卖，但是，不是所有的农村房屋买卖合同都是合法有效的。因为农村房屋买卖合同主体不同，所涉及的相关法律、法规、政策也大有不同。因此，在适用法律认定农村房屋买卖合同效力时也会得出不同的结论。 具体如下：
(一)对农村本集体经济组织成员之间农村房屋买卖合同应认定有效。购买者具有房屋所在地集体经济组织成员身份，这便排除了宅基地不能进行流转的障碍，要买卖双方所订立的买卖合同符合合同法关于有效合同要件，就应当认定买卖合同有效。
(二)对待本集体经济组织成员与外集体经济组织成员之间的房屋买卖合同效力的认定。我国相关法律、法规虽然禁止将农村宅基地使用权向本集体经济组织成员以外的人转让，但法律、法规对农村居民转让房屋所有权并无禁止性规定，也无禁止向本集体经济组织外的农村居民出售房屋的规定。因此，对这类农村房屋买卖合同，只要其符合合同法关于有效合同其他要件，应依法认定为有效合同。
(三)农村本集体经济组织成员与城镇居民之间的房屋买卖合同应认定无效。在《关于加强农村宅基地管理的意见》中规定“严禁城镇居民在农村购置宅基地，严禁为城镇居民在农村购买和违法建造的住宅发放土地使用证”。 因此对这类合同，应因违反国家政策而认定为合同无效。
我国目前的法规和政策是不允许农民房买卖的，除非是同一集体组织的村民。因此，农民房买卖会存在很大的法律风险，主要有：
1、房产可能是违法建筑。
村民建造农民房应当办理相应的证书，深圳常见的是“两证一书”，即建房土地使用证、建筑许可证和居民兴建住宅用地批准通知书。现在关外买卖的农民房，有些是村民私下抢建的，根本没有合法建造的手续。
在实践中，还有村民和合作方使用早已过期的证书、或者是超过证书规定面积私下加建的，这些都属于违法建筑。如果是违法建筑，这种风险非常大，可能被政府强制拆除，将来拆迁，政府也可能不给予补偿。如果该房屋能够办理房产证书(绿本)，表明政府对产权人的权利是认可的，一般不会是违法建筑。
2、农民房无法过户，不能将房产证办至买房人的名下。
即使买房人签了购房合同付完房款，并且实际搬迁进去一直居住，但按照目前国土局的作法，这种房产不能办理房产过户手续。农民房买卖的现象在深圳特别是关外还比较多，只要原先的买房人没有异议，买房人也可以一直居住下去。根据我国法律的规定，不动产物权以登记为准，由于农民房没法过户，因此，即使买房一直在居住，但这个房产其实一直是原建房人的房产。
3、房产买卖合同可能会被认定为无效。
理由是农民房转让必然导致宅基地使用权的转让，而宅基地使用权交易是法律所禁止的。关于农民房买卖合同是否有效的问题，这个在理论上还有不同看法，有认为有效的，也有认为无效的。
目前，农村房屋买卖纠纷类型及处理方式主要如下：
(一)卖方起诉的纠纷
卖方起诉的纠纷多表现为：卖方没有房屋权属证明，以较低的价格将其农房出卖给非本集体经济组织成员，如城镇居民，但随着房价的飞速上涨，利益的驱动使卖方不甘于当时的价格而试图收回房屋再次获利。因此，卖方常以买卖合同违反《合同法》第52条之规定为由，即违反法律、行政法规之强制性规定的合同为无效合同，请求法院确认房屋买卖合同无效。
(二)买方起诉的纠纷
买方起诉的纠纷具体来说为：由于农村房屋不具有产权证，或仅有乡镇产权，因此，在买卖合同签订后，买方是无法办理房屋产权过户登记或在合同约定的期限内取得房屋产权的。加之，目前一些政策性文件禁止向城镇居民出售农村房屋，于是买方便起诉至法院，要求确认买卖合同无效，由卖方返还购房款，或请求卖方支付相应的违约金等。
(三)其他与农房买卖有关的纠纷
此类纠纷并不直接表现为买卖合同纠纷。例如，农房联建一般是农民出地，他人出资来共同修建房屋，修好的房屋由双方协商进行适当分配。
其实常发生的纠纷为：农民在房屋建好后反悔，想独吞房屋，不让出资方入住，出资方只好起诉，请求法院确认其对房屋享有的权利。