在棚户区改造中，国有土地上房屋的拆迁补偿方式，通常分为货币补偿和产权调换两种方式。
1、货币补偿
被征收房屋价值补偿、搬迁费、临时安置费、停产停业损失补偿费、外迁补助费、其他补助费。
2、产权置换
一般是拆一还一。即拆一平米就补偿一平米。一般对于棚户区改造，优先考虑的应该是原地回迁。
3、产权调换房屋面积
被征收人可选购的产权调换房屋面积为被征收房屋建筑面积 被征收房屋建筑面积的0.2倍 10建筑平方米，其中：
(1)如被征收房屋建筑面积的0.2倍部分小于10平方米，则按10平方米计算;
(2)本项目征收范围内同一人或夫妻有两处及以上房屋的，被征收房屋建筑面积相加计算，10建筑平方米只能享有一次;
(3)当被征收房屋建筑面积 被征收房屋建筑面积的0.2倍 10建筑平方米小于产权调换房屋最小户型面积，规定允许购买本项目产权调换房屋最小户型。
这两种拆迁补偿方式，被征收人可以自主选择。并且就其不合理的部分，提出自己的诉求和异议。
按照现行政策并结合《意见》的规定，各类棚户区改造可享受的税费优惠政策包括以下几个方面：
第一，棚户区改造安置住房税收优惠政策。主要包括：
1、建设用地免征城镇土地使用税;
2、免征涉及的印花税、土地增值税;
3、免征或减半征收契税、个人所得税。
棚户区改造安置住房建设和通过收购筹集安置房源的，执行经济适用住房的税收优惠政策。
4、电力、通讯、市政公用事业等企业对城市和国有工矿棚户区改造给予支持，新建安置小区有线电视和供水、供电、供气、供热、排水、通讯、道路等市政公用设施，由各相关单位出资配套建设，并适当减免入网、管网增容等经营性收费。
第二，棚户区改造项目免征行政事业性收费和政府性基金。
5、免收的全国性行政事业性收费包括防空地下室易地建设费、白蚁防治费等项目;
6、免收的全国性政府性基金包括城市基础设施配套费、散装水泥专项资金、新型墙体材料专项基金、城市教育附加费、地方教育附加、城镇公用事业附加等项目。
第三，企业参与政府统一组织的工矿(含中央下放煤矿)棚户区改造、林区棚户区改造、垦区危房改造的，对企业用于符合规定条件的支出，准予在企业所得税前扣除。现行政策规定国有工矿企业、国有林区企业和国有垦区企业用于政府统一组织的棚户区改造支出，准予在企业所得税前扣除。这一规定调动了企业参与棚户区改造的积极性，起到了良好效果。为进一步调动企业积极性，新的政策中，
7、将允许棚户区改造补助支出在企业所得税前扣除的范围，取消了仅可为国有企业的限制。
1生活水平大不同
城中村：由于已经处于都市化地区，实际地价已很高昂，为了尽可能提高房地收入，当地户籍居民建造的出租屋往往是高度密集的简易楼，楼高多层，而其密集程度则被人称为“亲嘴楼”。这样楼房林立的聚落类型看上去远比通常所说的棚户区“现代化”。而这些楼房的主人虽然户籍上是“农民”，在面临强制拆迁时也可能是弱者，但他们与数量多得多的贫困租户相比不是一个档次，甚至与“市民”相比，他们的房租收入也令人羡慕，以至于改变他们的“农民”户口反而常常要实行强制。而且伴随着城中村改造，很多村民能得到大量的补偿，往往就是百万富翁诞生的摇篮。所谓矮穷挫一夕变身高富帅，根本不是梦想。
棚户区：城乡接合部，尤其是远郊区，由于实际地价低，当地户籍居民投资少，出租屋更为简陋，楼房很少，常常就是棚户，由此在一些大城市的“城乡接合部”往往形成一条“棚户地带”。同为租户，与“城中村”的租户相比，这里的“外地”租户居住条件更差。
2土地性质大不同
其实城中村和棚户区最大的不同还在于两者本身的土地性质的不同，城中村属于城市中的农村，其土地性质本身是属于集体土地的!而棚户区一般为国有土地。
因此同为改造，城中村改造和棚户区改造的最大区别就在于，城中村改造的土地很多是在农民集体土地上建设的房屋，未缴纳土地出让金等费用，其产权证不是由国家房管部门颁发，而是由乡政府或村政府颁发，所以叫做“乡产权”，又叫“小产权”。这种房子对于城中村本身的居民是无伤大雅的，但是对于外来购买居民则是大忌，因为没有产权，无法卖出和转让，就变得十分不靠谱。
但是棚户区改造则与之不同，因为棚户区本身的土地性质就属于国有土地，在此进行的改造其房子产权一般即为大产权，国家会发放的土地使用证和预售许可证，购房合同国土房管局也将会给予备案。外来居民购买棚户区改造的房子也不用担心产权问题，可以领到大红本，日后房子也可以进行买卖和转让。