护照和港澳通行证都需要在县级以上公安局出入境管理局服务大厅办理。
以深圳为例，其办理流程为：
一、网上预约：登陆深圳市公安局出入境便民网或关注深圳出入境公众微信号预约。
温馨提醒：
(1)预约时就可以选择是到办证大厅领取签证，或是邮政快递领取。
(2)首次办理，邮递范围只限广东省内，邮政快递所需时间不纳入办理时间，邮递费用不包括在办证费用以内。
(3)凡16周岁以下申请人提出申请，须事先经父母或监护人同意，如果选择邮政速递方式领证的，邮件收件人必须为其父母或监护人。
二、材料准备：准备好必须材料，根据身份看看是否需要准备或需材料。
温馨提示：
驻深现役军人或国家记备案工作人员填写好《关于同意________申办出入境证件的函》，还需要所属人事部门盖章的审批意见。
三、大厅办理：凭电子回执，申请人携带相关证件，在预约时间内到指定办证大厅办理港澳通行证。
1、提前15分钟到大厅咨询窗口确认号码，领取预约号，等待叫号办理。(如未打印申请表格，可在大厅“申请易”或咨询台打印)
2、录入指纹：采取指纹两个，为左右手大拇指或食指在广东省公安机关出入境管理部门成功留存过指纹信息的，无需再次采集指纹，但需进行指纹核验。核验不通过，经核实身份，须重新采集指纹。
3、排队等候：采取指纹完成后办证大厅会给申请人一个排队编号;排队等待，轮到自己所持编号之后，到指定的柜台递交材料进行审核。
4、办证大厅审核：审核无误，得到办理港澳通行证缴费单(在办证大厅拍摄数码电子照片的申请人还有一份电子照片缴费单)
5、缴费和领取回执：拿着缴费单办理缴费，缴费完成后办证大厅会给申请人一张回执(领取港澳通行卡就靠这张回执)。
四、进度查询：
1、拨打信息咨询服务热线：0755-84465490、96897。
2、登录出入境便民网：(广东省厅)或(深圳市市局)。
五、证件领取
1、预约时选择到办证大厅领取证件的申请人，请在指定日期领取港澳通行证。
2、选择邮政快递的申请人，可以查询办证进度之后，查收邮政快递(邮政速递查询电话：0755—11185)。
办理时限及费用
1、办理时限：7个工作日(邮政快递所用时间不计算在内)。
2、办理费用：
往来港澳通行证每本100元;
一次有效签注每项次20元;
二次有效签注每项次40元;
多次有效签注每项次100元
3、电子港澳通行证有效期：
16岁以上成人港澳通行证有效期10年;
16岁以下未成年人港澳通行证有效期限为5年。
办理地点
深圳市公安局出入境办证大厅
在港澳通行证还没有失效的情况下可以直接向当地出入境申请签注注销。港澳通行证的签注注销手续很简单的，可以直接重新申请签注，申请签注和注销签注可以同步进行的，以前还有效的签注就将自动注销，只需要根据自己需要出发的时间提前半个月申请。提供身份证原件，复印件，户口本，两张两寸白底相片，原来的港澳通行证本人去户口所在地出入境管理处办理。
(一)通行证持有人遗失通行证的，可以按本规范规定重新申请办理通行证及签注;附有短期居住签注的通行证持有人在香港或者澳门地区遗失通行证后需补发通行证及办理同类签注的，可通过香港、澳门中国旅行社向深圳、珠海签证办提交申请。
(二)申请时除按本规范提交规定的证明材料之外，需提交遗失声明;在香港或者澳门申请补发通行证的，还需提交香港入境事务处或者澳门治安警察局出具的身份确认证明。
(三)受理补发通行证申请的公安机关出入境管理部门应核实遗失通行证的发证记录和通行证持有人的出入境记录，并将遗失证件的有关资料通报原发证部门，由原发证部门宣布作废。
(四)通行证持有人在香港或者澳门地区遗失通行证的，可向深圳或者珠海签证办申请办理一次性入出境通行证返回内地。