农村自建房补办房产证需要按照以下步骤进行：
1、申请人需要携带身份证原件和复印件各一份，到当地的房管所填写房产证遗失登记申请书，并且提交遗失补办房产证的书面申请。
2、提交申请后，房产档案馆会查阅相关档案并且出具房产权属证明。
3、申请人需要到当地房管所指定的地方刊登原房产证遗失作废申明，并且提交相关证明材料。
4、如果原房产证有办理抵押还没解除的要求抵押权人出具同意补办房产证的同意书。
5、登报申明原房产证作废满六个月后就可以补办证登记手续了，满一个月以后就可以领取新的房产证了。
法律依据
《中华人民共和国城市房地产管理法》第三条
国家依法实行国有土地有偿、有限期使用制度。但是，国家在本法规定的范围内划拨国有土地使用权的除外。
《不动产登记暂行条例实施细则》第二十二条
不动产权属证书或者不动产登记证明污损、破损的，当事人可以向不动产登记机构申请换发。符合换发条件的，不动产登记机构应当予以换发，并收回原不动产权属证书或者不动产登记证明。
不动产权属证书或者不动产登记证明遗失、灭失，不动产权利人申请补发的，由不动产登记机构在其门户网站上刊发不动产权利人的遗失、灭失声明15个工作日后，予以补发。
不动产登记机构补发不动产权属证书或者不动产登记证明的，应当将补发不动产权属证书或者不动产登记证明的事项记载于不动产登记簿，并在不动产权属证书或者不动产登记证明上注明“补发”字样。
补办房产证需要的材料包括但不限于：
1、房屋产权人的身份证原件和复印件。
2、刊登遗失证明的整张报纸。
3、房屋产权人的申请补办报告。
4、房管部门出具的挂失证明。
5、房屋权属登记申请书(非转移类)。
6、房屋分层分户平面图。
法律依据
《民法典》第二百一十一条
当事人申请登记，应当根据不同登记事项提供权属证明和不动产界址、面积等必要材料。
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