非法经营罪的立案标准根据具体情况而定。
如果违反国家规定，出版、印刷、复制、发行非法出版物，个人违法所得数额在2万元以上，单位违法所得数额在5万元以上;或者个人非法经营数额在5万元以上，单位非法经营数额在15万元以上;或者个人非法经营报纸5000份或者期刊5000本或者图书2000册或者音像制品、电子出版物500张(盒)以上，单位非法经营报纸15000份或者期刊15000本或者图书5000册或者音像制品、电子出版物1500张(盒)以上，则涉嫌非法经营罪。
此外，如果未经国家有关主管部门批准，非法经营证券、期货或者保险业务，非法经营数额在30万元以上，或者违法所得数额在5万元以上，也涉嫌非法经营罪。
法律依据
《中华人民共和国刑法》第一百六十五条
【非法经营同类营业罪】国有公司、企业的董事、经理利用职务便利，自己经营或者为他人经营与其所任职公司、企业同类的营业，获取非法利益，数额巨大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金;数额特别巨大的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
非法经营罪的员工怎么处理视情况而定。如果员工能够有证据证明自己不知情，没有参与到违法活动里，或者不知道自己的行为是违法的，可以不承担法律责任。根据《中华人民共和国刑法》的规定，单位犯非法经营罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员按照法定刑判处刑罚。
法律依据
《中华人民共和国刑法》第二百二十五条
违反国家规定，有下列非法经营行为之一，扰乱市场秩序，情节严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金;情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产：
(一)未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或者其他限制买卖的物品的;
(二)买卖进出口许可证、进出口原产地证明以及其他法律、行政法规规定的经营许可证或者批准文件的;
(三)未经国家有关主管部门批准非法经营证券、期货、保险业务的，或者非法从事资金支付结算业务的;
(四)其他严重扰乱市场秩序的非法经营行为。
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