旷工一天扣三天工资不合法。根据规定，旷工当天，用人单位可以不支付工资，但是除了给用人单位造成了经济损失外，不得额外扣工资。如果因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的百分之二十。如果扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
法律依据
《工资支付暂行规定》第十六条
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
员工旷工的处理方式因企业和具体情况而异，但通常会遵循以下原则：
1、口头或书面警告：对于第一次旷工的员工，企业通常会通过口头或书面警告的方式，提醒员工注意自己的行为，并责令其反省。
2、全公司通报批评：如果员工再次旷工，企业可能会采取更严厉的措施，如在全公司范围内通报批评，以警示其他员工。同时，主管领导可能会与员工进行谈话，并给予记大过等处分。
3、开除或劝退：对于多次旷工或连续旷工的员工，企业可能会采取更严厉的措施，如开除或劝退。这是因为旷工行为严重违反了企业的劳动纪律和规定，影响了企业的正常运营和其他员工的工作。
法律依据
《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条
【用人单位单方解除劳动合同(过失性辞退)】劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
(一)在试用期间被证明不符合录用条件的;
(二)严重违反用人单位的规章制度的;
(三)严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的;
(四)劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的;
(五)因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的;
(六)被依法追究刑事责任的。
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