部分银行会根据转账金额的一定比例收取手续费，比例通常在0.015%至0.2%之间，同时会设置最低和最高收费限额。例如，某银行规定网上银行跨行转账金额在5万元以上时，按转账金额的0.015%收取手续费，最高不超过25元;而另一银行则可能规定实时跨行转账每笔手续费按转账金额的0.2%收取，最低2元，最高100元。
对于小额跨行转账，部分银行会设定固定的手续费金额。例如，某银行规定网上银行跨行转账金额在1万元以下(含1万元)时，每笔手续费为5元。
通过银行柜台进行跨行转账，手续费通常较高，因为它涉及到人工服务成本。手续费标准可能因银行而异，但一般会根据转账金额的大小划分不同的收费档次。
ATM机跨行转账手续费相对柜台会低一些，但也有一定的收费标准。同样会根据转账金额的大小来划分收费档次。
网上银行和手机银行转账在很多情况下会有一定的优惠政策。不少银行对于本行内转账实行免费政策，对于跨行转账，在一定金额范围内也可能不收取手续费。例如，某银行规定通过手机银行进行跨行转账，单笔转账金额在5万元以下(含)免收手续费。
中国银行：自2024年11月17日起，手机银行手机交易码转账交易限额调整为单笔/日累计5万元。此前跨行单笔限额曾为2万元，日累计50万元。
建设银行：网上银行转账限额根据账户类型和安全工具不同，单笔限额可达500万元，日累计限额同样为500万元;手机银行转账限额与网上银行类似，一类户短信动态口令单笔限额5000元，日累计5000元，而通用盾用户单笔限额可达500万元，日累计500万元。
工商银行：跨行转账单笔限额曾达50万元，日累计250万元。
农业银行：柜台转账单笔人民币交易限额可达100万元，日累计交易限额500万元。
一类账户通常享有较高转账限额，如建设银行一类户短信动态口令单笔限额5000元，但通过设备绑定可提升至单笔50万元。
二类账户转账限额普遍较低，且可能存在消费、缴费及向非绑定账户转出的日累计限额(如1万元)。