重大误解撤销合同后，违约条款效力需依具体情况判定。根据《中华人民共和国民法典》第一百五十五条，无效或被撤销民事法律行为自始没有法律约束力。但这并不意味着合同所有条款均无效，违约条款效力取决于其与合同核心内容关联性。
如果违约条款独立于合同核心内容，如仅约定一方迟延履行需支付违约金，不涉及合同标的、数量等核心要素误解，该条款可能被认定有效。因为合同核心内容因误解被撤销，不影响独立条款效力，违约条款仍可约束双方行为。
如果违约条款与合同核心内容紧密相连，如因对合同标的误解导致合同撤销，违约条款围绕该标的设定，此时违约条款可能随合同撤销而无效。因核心内容误解使合同整体基础动摇，违约条款失去存在依据，无法独立发挥约束作用。
司法实践中，判断违约条款效力需综合考量条款独立性、与核心内容关联性等因素。法院会审查合同条款设置目的、履行方式等，确定违约条款是否受重大误解影响，进而判定其效力。
合同撤销后，双方应停止履行合同义务，包括违约条款约定义务。但如果违约条款有效，一方违反该条款仍需承担违约责任。这要求双方在合同撤销后，及时梳理权利义务，避免因违约条款效力不明产生纠纷。
重大误解合同撤销后，遭受损失方有权申请赔偿。依据《中华人民共和国民法典》第一百五十七条，民事法律行为无效、被撤销或确定不发生效力后，有过错一方应赔偿对方由此所受损失。各方都有过错，各自承担相应责任。
赔偿范围限于信赖利益损失，即一方因信赖合同有效成立而遭受的实际损失。如为履行合同支付的费用、准备履行合同投入的人力物力等。这些损失与合同订立及履行过程直接相关，是因重大误解导致合同撤销产生的合理损失。
赔偿申请需满足一定条件。首先，申请人需证明存在重大误解，如对合同关键条款理解错误，且该误解影响合同订立及履行。其次，需证明因误解遭受实际损失，损失与误解及合同撤销存在因果关系。最后，需在法定时效内提出申请，避免超过诉讼时效丧失胜诉权。
赔偿方式通常为金钱赔偿，法院会根据损失大小、双方过错程度等因素确定赔偿金额。如果双方对损失大小存在争议，法院可能委托专业机构进行评估鉴定，以确定合理赔偿数额。
合同撤销后，双方应积极协商赔偿事宜，尽量通过和解方式解决纠纷。如果协商不成，可向法院提起诉讼，由法院依法判决赔偿金额。在诉讼过程中，双方需提供充分证据证明自己主张，以维护自身合法权益。