根据2025年4月26日起施行的两高司法解释，侵犯软件著作权罪的立案标准有两个核心数额指标。违法所得数额在三万元以上的，认定为违法所得数额较大，应当立案追诉。非法经营数额在五万元以上的，同样达到立案标准。这两个标准是并列关系，满足任何一个就可以刑事立案。
除了数额标准，司法解释还规定了数量标准。复制发行他人软件，复制件数量合计在五百份以上的，应当立案追诉。通过信息网络向公众传播软件，数量合计在五百件以上的，或者下载数量达到一万次以上的，或者被点击数量达到十万次以上的，或者注册会员数量达到一千人以上的，同样达到立案标准。
两年内因侵犯著作权受过刑事处罚或者行政处罚后再次实施侵权行为的，立案门槛会降低。这种情况下违法所得达到二万元以上或者非法经营数额达到三万元以上的，就应当立案追诉。这条规定针对的是屡教不改的惯犯，法律给了更严格的评价。
单位实施侵犯软件著作权犯罪的，立案标准是个人标准的三倍。也就是说单位违法所得在九万元以上，或者非法经营数额在十五万元以上的，应当立案追诉。单位犯罪中，直接负责的主管人员和其他直接责任人员也要承担刑事责任，不能以单位名义推脱。
数额或者数量达到立案标准十倍以上的，应当认定为违法所得数额巨大或者有其他特别严重情节。这种情况下量刑会升档，刑期更重。比如非法经营数额达到五十万元以上，就属于特别严重情节，法院会从重处罚。
软件著作权人发现被侵权后，可以要求侵权人立即停止侵权行为。包括停止复制、停止发行、停止通过信息网络传播、停止使用侵权软件等。法院判决停止侵害后，侵权人拒不执行的，法院可以采取强制措施，包括罚款、拘留甚至追究刑事责任。
赔偿数额按照权利人实际损失计算。实际损失包括销售量减少、价格侵蚀、许可费损失等可量化的损害。实际损失难以计算的，可以按照侵权人因侵权所获得的利益计算。法院还可以责令侵权人提供账簿、资料，拒不提供的可以参考权利人主张和证据酌定赔偿金额。
对于故意侵犯软件著作权且情节严重的，可以适用惩罚性赔偿。惩罚性赔偿的倍数为一倍以上五倍以下，计算基数是实际损失或者侵权获利。情节严重包括侵权持续时间长、地域广、规模大、获利高、造成权利人重大损失等情形。惩罚性赔偿要在起诉时明确提出，法院不会主动适用。
软件著作权包含人身权利，比如署名权。侵权人没有给著作权人署名的，或者冒名署名的，著作权人可以要求侵权人赔礼道歉、消除影响。赔礼道歉的方式包括在报纸、网站等媒体上刊登声明，费用由侵权人承担。拒不道歉的，法院可以公告方式执行。
维权合理开支包括律师费、公证费、调查费、差旅费、鉴定费等。这部分费用可以计入赔偿总额，由侵权人承担。合理开支的金额应当与实际支出相符，不能虚报。保留好发票和支付凭证，法院会据实认定。
软件著作权保护的是软件的表达形式，也就是源代码、目标代码、程序结构这些具体内容。商业秘密保护的是技术信息和经营信息，要求具备非公知性、价值性和保密措施三个条件。软件著作权登记就有保护，不需要保密;商业秘密的前提恰恰是不公开，公开了就没有商业秘密了。
侵犯软件著作权主要看有没有未经许可复制、发行、传播软件。实践中采用实质性相似加接触的认定原则，只要被诉软件与权利软件名称、版本号、版权人信息相同，就可以推定侵权。侵犯商业秘密的认定复杂得多，需要证明信息具备非公知性，还要证明侵权人通过不正当手段获取、披露或使用。
侵犯软件著作权罪的立案标准是违法所得三万元或非法经营五万元。侵犯商业秘密罪的立案标准是给权利人造成损失五十万元以上，或者违法所得五十万元以上。商业秘密的立案门槛比软件著作权高得多，主要是因为商业秘密案件取证困难，损失计算也更复杂。
软件著作权侵权案件中，权利人只要能证明自己是著作权人，再证明被诉软件与权利软件实质性相似，基本就完成了举证。商业秘密案件的权利人需要证明信息的非公知性，通常要委托知识产权鉴定机构出具鉴定意见，还要证明采取了合理的保密措施。商业秘密案件原告败诉率较高，主要原因就是举证不到位。
侵犯软件著作权主要适用著作权法和刑法的相关规定，保护的是创新成果的表达形式。侵犯商业秘密主要适用反不正当竞争法和刑法的相关规定，保护的是市场竞争力。一个软件可能同时构成软件著作权客体和商业秘密客体，比如核心算法既可以登记著作权，也可以作为商业秘密保护。两者不冲突，权利人可以选择更有利的保护路径。