首次申领港澳通行证必须本人到场。出入境管理部门需要现场采集申请人的指纹信息和人脸图像，这两项生物识别信息无法由他人代为完成。申请材料中明确要求首次申请须本人到现场采集核验指纹。本人不到场，受理环节无法完成，材料递交后也会被退回。
已有有效通行证、申请签注续签的，可以委托他人代办。前提是在原通行证或原签注申请受理部门提交申请。代办时需要委托人出具委托书，被委托人携带本人身份证原件并提交复印件。申请人在港澳地区的，不得委托他人代为申请，这一限制需要留意。
未满十六周岁的未成年人属于特殊情况。本人无法独自办理，需由法定监护人陪同，或监护人委托他人陪同办理。陪同人需要提供监护证明、本人身份证，委托陪同的还需额外提供委托书。未成年人本人仍需到场，只是不需要独自完成申请流程。
已在港澳地区的内地居民可以通过指定渠道提交申请。按照有关规定在香港或澳门向广东省公安厅深圳或珠海出入境签证办事处提出申请的，可通过香港或澳门中国旅行社代为提交材料，不用返回内地办理。这一渠道仅限身处港澳的情形。
办理港澳通行证不需要提交居民户口簿。公安部规定办理往来港澳通行证无需提交户口簿，身份证是主要的身份证明文件。申请人交验本人居民身份证或临时身份证即可，户口簿不在必需材料清单内。这条规则适用于绝大多数成年申请人，带上身份证原件就能完成身份核验。
未满十六周岁且未办理居民身份证的申请人属于例外。这类申请人可以交验居民户口簿作为身份证明。前提是没有身份证可交验，户口簿在这一情形下替代身份证使用。已办理身份证的未成年人仍以身份证为准，户口簿不是必交材料。
登记备案的国家工作人员和军人有额外要求。这类人员需要提交所属单位或上级主管单位按人事管理权限审批后出具的同意办理出入境证件的函。单位意见与户口簿是两回事，不能互相替代，缺少单位意见的材料会被退回。
户口簿在部分旧版规定中仍有提及，实际操作以身份证为准。个别地方性指南可能列出户口簿，现行全国通办规则下身份证足以完成身份核验。申请人携带身份证原件前往即可，户口簿不需要随身携带，除非属于未办身份证的未成年人情形。
未成年人办理时，户口簿还可能出现在另一个环节。未满十六周岁的申请人需要监护人陪同，提交监护关系证明，出生医学证明或载明监护关系的户口簿都可以用作这项证明。这里的户口簿是用来证明监护关系，不是用来证明申请人身份，两者用途不同，不能混在一起理解。
材料准备的核心判断标准很简单。成年人看身份证，未办身份证的未成年人看户口簿，登记备案人员看单位同意函。三样东西各管各的，不存在必须同时提交的要求。户口簿在成年申请人的材料清单里已经被身份证完全替代，旧版指南中的户口簿表述不再具有强制效力。
港澳通行证已经实行全国通办。内地居民可以在全国任一公安机关出入境管理机构提交申请，不需要返回户籍所在地。异地办理与户籍地办理的证件类型、申请条件一致，不存在额外门槛。
异地办理同样需要本人到场。全国通办解决的是受理地点限制，不改变本人到场的要求。首次申请仍需现场采集指纹和人脸信息，线上办理暂不支持，因为签注和申办都需要录入生物识别信息。申请人就近选择出入境办证大厅即可。
办理时限因户籍状态有差异。外省户籍的申请时限通常为二十日，省内户籍为七个工作日。这一时限差异来自信息核查流程，与是否异地无关。申请人可以根据出行安排提前规划提交时间。
异地办理的材料与户籍地一致。身份证原件、照片、指纹采集是基本要求。登记备案的国家工作人员仍需单位同意函。十六周岁以下未成年人仍需监护人陪同。全国通办不降低材料标准，也不增加额外证明。