物流运输合同纠纷是指在物流运输合同的签订、履行、变更或终止过程中，各方当事人因权利义务关系产生的争议。处理此类纠纷时，通常需要依据相关的法律法规以及运输合同的约定，并结合具体的合同条款、相关法律法规以及实际情况进行综合分析和判断，以维护各方当事人的合法权益。解决方式主要有协商、调解、仲裁和诉讼。