对方指控强奸罪但缺乏直接证据时能否立案，需结合刑事诉讼法的证据规则与立案标准综合判断。法律明确要求立案需存在犯罪事实且需追究刑事责任，但未要求证据必须达到定罪标准。司法实践中，间接证据链、被害人陈述、嫌疑人辩解等均可作为立案依据。