公司罚款50元可以申请劳动仲裁，只要员工认为罚款违法或不合理，无论金额大小均可维权。工厂罚款同样可向劳动局投诉，劳动行政部门有权核查罚款合法性。劳动仲裁与投诉是两种独立救济途径，员工可根据情况选择或并行使用。