商住两用房50年产权到期后，业主需要主动申请续期并缴纳土地出让金，否则土地将被国家收回。商住两用房在法律上通常允许注册公司，但具体操作需符合当地工商及物业规定。此外，这类房产在二手交易时的税费远高于普通住宅，涉及增值税、高额契税及土地增值税等多项成本。