总公司和子公司的主要区别在于子公司具有独立法人资格，而分公司不具有。母公司对子公司仅以出资额为限承担有限责任，子公司以其全部财产独立对外承担债务。但母公司滥用控股地位导致财产混同的，可能被穿透追责。