特许经营许可证的办理流程主要包括以下步骤：
1、提交申请备案材料
特许人需要向相关商务主管部门(具体为所在地省、自治区、直辖市人民政府商务主管部门或国务院商务主管部门，根据经营活动范围确定)提交申请备案的纸质材料。
这些材料包括但不限于营业执照复印件、企业登记(注册)证书复印件、特许经营合同样本、特许经营操作手册、市场计划书等。
这些材料旨在证明特许人具备成熟的经营模式及为被特许人提供持续服务的能力。
2、在线填报备案信息
获得登录号和密码后，特许人需登录商务部《商业特许经营信息管理系统》。
按照系统要求，准确、完整地在线填报备案材料，并提交有关材料电子版文档的PDF格式扫描件。
3、审核与备案
窗口部门将纸质材料送交审核部门进行审核。
若申请材料符合《商业特许经营管理条例》的相关规定，审核部门将在收到材料后的10日内予以备案，并在商业特许经营信息管理系统上进行公告，同时向特许人发放备案证明。
若提交材料不完备，申请人需在7日内补充提交，审核部门将在材料补充齐全后的10日内完成备案和公告程序。
在整个办理流程中，特许人需确保所提交材料的真实性和完整性，并遵循相关法律法规的要求。
特许经营和加盟虽然都是商业扩展的方式，但它们之间存在显著的差异：
1、概念与体系
特许经营是指拥有注册商标、企业标志、专利、专有技术等经营资源的企业(特许人)，以合同形式将其拥有的经营资源许可其他经营者(被特许人)使用，被特许人按照合同约定在统一的经营模式下开展经营，并向特许人支付特许经营费用的经营活动。
加盟则更多指一种契约关系，其中特许人向受许人提供一种独特的商业经营特许权，并给予人员训练、组织结构、经营管理、商品采购等方面的指导和帮助，受许人向特许人支付相应的费用。
2、经营模式与自主性
特许经营体系通常更为严格和统一，被特许人需要遵循特许人制定的经营模式、品牌形象、产品标准等。
加盟虽然也有统一的品牌形象和经营指导，但受许人在经营上通常拥有更多的自主性，可以在一定程度上根据当地市场情况进行调整。
3、风险与收益
特许经营对于特许人来说，可以在保持品牌一致性的同时，通过收取特许经营费用实现快速扩张和盈利。
对于被特许人来说，虽然需要支付一定的费用，但可以借助成熟的经营模式和品牌力量降低创业风险。
加盟模式下，受许人需要承担更多的经营风险，但同时也有更大的灵活性来适应市场需求。
4、法律与监管
特许经营受到《商业特许经营管理条例》等法律法规的严格监管，以确保特许人和被特许人的合法权益。
加盟虽然也有相关的法律法规进行约束，但相比之下监管可能更为宽松。