补充养老保险费的列支渠道主要有：人工成本、奖励与福利基金、企业自有资金、基本养老保险费超过300%部分等。费用列支渠道不规范问题是当前补充养老保险所面临的主要问题，核心是补充养老保险费是否允许列入成本。对补充养老保险资金是否允许在税前列支，各方面意见不尽一致。一种意见认为，补充养老保险制度的建立，是为了弥补基本养老保险中长期水平的不断下降，以满足不同层次的需求，从总体上看并不会增加退休者的养老保险待遇水平。国家应大力提倡，并应在税收上给予优穗，规定企业补充养老保险资金可以进成本。另一种意见认为，如允许补充养老保险资金列入成本，势必会影响国家财政收入，造成国家资产的流失。如何做到既能发挥补充养老保险的积极作用，又有防止国有资产流失，是一个需要妥善解决的问题。目前倾向性意见是，单位补充养老保险供款水平不超过工资总额5%的部分，应允许从职工福利费中列支，其他部分从单位税后利润或其他渠道列支；职工个人按本人工资收入的一定比例或绝对额确定缴费额，依照国际通行做法，职工个人缴费不计入个人所得税计税基数。