财政专户管理是国家对预算外资金的一种管理办法。具体办法是基本医疗保险费用由社会保险经办机构征缴上来后，直接存入在国有商业银行开设的社会保障资金收入户，在规定期限内（一般不超过一周），转存入财政在国有商业银行开设的社会保障基金财政专户，当社会保险经办机构需要支出时，由同级财政按申报的收支计划，从财政专户中拨付到在国有商业银行开设的社会保障基金支出户。目前，我国的养老保险、失业保险基金实行的就是财政专户管理。
基本医疗保险基金纳入财政专户管理，一是作为政府推行的基本医疗保险，其基金必须有较为完善的国家财政监督和管理；二是基本医疗保险基金纳入财政专户管理，实行“收支两条线”，有利于保证基金安全；三是基本医疗保险基金纳入财政专户管理，也与基本养老保险、失业保险等基金管理的办法一致，有利于各项社会保险基金的统一管理。
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